刘锡彤取得了小白菜口供，真是乐得合不拢嘴，立即传讯杨乃武。杨家人听説葛品连被人毒死，正在诧异，县里来传，便随差人前去。杨乃武一到，刘锡彤便审问，叫他供出如何用毒药毒死葛品连。杨乃武怒斥刘锡彤凭空诬陷，刘出示了小白菜的口供，杨乃武坚决否认此事。因为杨是新科举人，按律规定，必须先革功名才能用刑。十二日，刘锡彤即申请上司将杨乃武的功名革去。不等上面的批文下来，第二次审问时便立即动刑，一连审了数次，夹棍、火砖等刑都使用过了，杨乃武坚决不肯让刘锡彤得逞。杨的堂弟杨恭治与詹氏的弟弟詹善政闻知后，以杨乃武初五日正在南乡岳父家里除灵为由赴县衙为杨乃武辩白。刘锡彤提案质讯，小白菜畏刑，仍然照前供説。刘锡彤认为案情已查明，便将情况详报上司。

　　刘锡彤自恃与现任知府陈鲁关系密切，认为上司批准即可定罪。陈鲁翻阅原供，见杨乃武并未承认，就命令把全案人犯案卷解府复审。十月二十日，杨乃武和小白菜、沈喻氏、喻王氏、詹氏以及其他有关人证都被解送到杭州。刘锡彤亲自到杭州打点，解送杭州的原供都作了篡改。死者口鼻流血改为七窍流血；银针未用皂角水擦洗改为已用皂角水擦洗；初五日给小白菜毒药改为初三日。陈鲁是军功出身，看不起读书人。他早听説杨乃武惯作谤诗，毁谤官府，认为杨乃武是个不守本分的人；仓前镇粮户闹粮的事，也知道是杨乃武为首，又有刘锡彤先入之言，所以此案一解到府，即不容杨申辩，第一次审问便用刑逼供。小白菜因有供在先，不敢翻供。愚昧荒唐的沈喻氏听小白菜诬供毒药是杨乃武所给，竟然也改供説在葛品连死时，见死得可疑，即盘问小白菜，小白菜説是杨乃武叫她下毒的。陈鲁并不追问沈喻氏，却用严刑逼问杨乃武，跪钉板、跪火砖、上夹棍，几次昏死过去。一连几堂，杨乃武熬刑不过，只得诬服，乱供曾到小白菜家给她毒药。陈鲁又问毒药从何而来，杨乃武説是前次到杭州回余杭路过仓前镇，花了40文钱买了一包砒霜，説是毒老鼠的。问他在哪个店里卖的，店主叫什么，杨乃武説在爱仁堂药铺，店主叫钱宝生。陈鲁取得杨口供后，不传钱宝生对质，却叫刘锡彤于二十七日转回余杭传讯钱宝生，讯问他卖毒药经过。

　　钱宝生到县衙，刘锡彤问他卖砒霜经过，钱宝生説这个月并没有看见过杨乃武到仓前，更没有卖过砒霜，爱仁堂是个小药铺，从来不进砒霜。刘锡彤一再威逼利诱，钱宝生还是坚决否认此事，并説他的名字叫钱坦，从来没用过钱宝生这个名字。钱宝生的弟弟钱垲听説哥哥被捉到县衙，赶来打听内情，设法营救。他知道陈湖与刘锡彤很熟，就去恳求陈湖説情。陈湖私下里对钱垲説杨乃武供词中是买砒霜毒老鼠的。卖砒霜的药铺并不知道是毒人，所以承认下来，也没有什么罪，至多是杖责，不承认，反而有罪。如果承认，马上可以请县衙给一张无干的谕帖，这样就不会有拖累了。于是钱垲劝钱宝生承认。钱宝生听他们这样一説，就答应了，当即在门房里出了一张卖砒霜的甘结（旧时交给官府的一种画押字据）。陈湖拿了甘结进去见刘锡彤，刘见取得了甘结，所以就给了钱宝生无干的谕帖。刘锡彤骗到了钱宝生的卖砒霜甘结后，即日赶到杭州府。陈鲁即根据供词及甘结定案，按律拟罪：葛毕氏凌迟处死，杨乃武斩立决。