树林，阿飞与鼬密会，宇智波鼬道，“今晚就行动。”阿飞道，“好吧，按照约定，我帮你。”鼬道，“那咱们就按说好的办。”阿飞道，“我之所以帮你歼灭宇智波，不光为了复仇，还有别的目的。这些你就当做没看见吧！”阿飞的目的与团藏大同小异，都是为了得到更多的写轮眼。鼬道，“你让我别用写轮眼记下你的行动？”
阿飞道，“是的，这也是我放你弟弟一条生路的证明。我不需要没有写轮眼的小孩。”鼬道，“所以我大可放心，是吗？我除了相信你，已经没有其他出路。”阿飞道，“如果你走投无路，可以来我的组织。”鼬一愣，“你的组织？”阿飞道，“名字是晓。”
木叶上空，飞鹰传讯。阿斯玛、夕日红、不知火玄间、迈特凯等上忍都看到了这一幕。暗部在紧张地做着战斗准备，虽然他们并不知道对手是谁。大和道，“这是第一级警戒态势。”卡卡西下令，“立刻准备出动！”
晚上，阿飞凭空出现在警备队。宇智波守卫大惊，“你是谁？”阿飞冷笑着发动了杀戮，鲜血染红了台阶。同时，宇智波鼬也采取了行动，一些族人倒在他的刀下。之后，月光下，宇智波鼬蹲在电线杆上，目睹佐助跑回来那一幕。
猿飞与团藏同时下令暗部出动，团藏道，“我的根部去木叶警务部队本部！”猿飞道，“我的直辖暗部去宇智波地区！”卡卡西有不祥的预感。
等到暗部来到宇智波街区，发现街上、房间到处都是宇智波族人的尸体，一路上的状况，只能用惨不忍睹来形容。暗部们议论纷纷，“到底发生了什么事情？”猿飞脸色难看，“赶快搜寻幸存者！”卯月夕颜发现了昏倒在地的佐助，报告给了火影。猿飞道，“马上送去医疗班。”卡卡西检查完毕后，“其他人都遇害了。”猿飞道，“回收全部的遗体。听好了，是全部！房间里面的也别漏了。”
卡卡西非常震惊，“这是什么人干的？竟然能轻易杀死拥有写轮眼的宇智波众忍者！”大和也觉得不可思议，这些死去的人中可是有相当数量的上忍。团藏处理完警备队的尸体后，来到了这里，“是宇智波鼬干的！鼬对他的族人充满了厌恶和憎恨，所以杀害了宇智波止水并夺走了他的眼睛，引发了宇智波同胞的纷争。并且最终……酿成了这般惨剧。”卡卡西一愣，“鼬吗？怎么会……”
当三代带着部下赶往宇智波地区时他们看到的却是满地的尸体，除了佐助之外宇智波一族无人幸免，而造成这惨剧之夜的便是宇智波鼬。
猿飞催促，“别磨蹭，快干活！”暗部们都离去了。团藏道，“这样一切都解决了。”猿飞忍无可忍，“解决了什么？这像一根粗大的骨头刺入了我们的喉咙。你难道不明白吗？没有宇智波的写轮眼，我们木叶的防务会变得很脆弱。”团藏不以为意，“一根小骨头而已。”猿飞道，“团藏，我不能再对你的独断专行视如无睹了，从现在起解除你火影辅佐一职。”团藏辩解，“可是猿飞，我……”
猿飞道，“如果说是为了村子，可宇智波一族也是村子的成员。另外解散你手下的根部！很快我会正式决定对你的处置，在此之前，罚你禁闭！”团藏虽然生气，但没办法，毕竟猿飞才是火影。团藏也并非一无所获，他得到了相当数量的写轮眼。团藏向回走，两个根部忍者来报告，“团藏大人，遗体数量不对。”团藏一愣，“什么？”根部忍者道，“有一些尸体莫名其妙地不见了。”
团藏有些疑惑，“除了我，还有别人收集写轮眼吗？”猛然他发现旁边那个根部忍者的眼睛竟然是写轮眼，那人是鼬，“我全看到了，并且今后也会继续看着！”另一个根部忍者已经中了鼬的幻术，一动不动。团藏咬牙，不敢轻举妄动。鼬的眼睛变成了大风车的万花筒形状，“只要你敢对佐助下手，我就把村子的机密全部泄露给别的国家，还有你做的这些事情。”然后鼬变成乌鸦消失了，是鸦分身。团藏大骂混蛋，却对鼬的威胁毫无办法。
卡卡西等人收集完宇智波一族的遗体，布满了长长的街道。大和道，“如果说这是宇智波鼬的憎恨，他恨得也太深了！”夕颜道，“幸存者只有一个人。”卡卡西下令，“把尸体都搬出去吧！”部下们答应。卡卡西道，“虽然说是暗部，但这任务也太残酷了！”那天的夜晚是满月，月光诉说着宇智波的悲剧。
宇智波家出事后，晶臧和鸣人都发现佐助变得更加沉默了，连以往脸上的高傲都变成了冷傲。鸣人道，“这家伙怎么了？”晶臧道，“好像有什么事情发生……”这时有几个孩子向鸣人和晶臧挑衅，两人的注意力被转移走了。佐助独自坐在地上发呆。
学校楼上某个房间，阿凯与阿斯玛谈话，阿斯玛道，“听说宇智波一族被赶尽杀绝了。”阿凯道，“没有赶尽杀绝，据说还留下一个孩子。”阿斯玛道，“这不一样吗？宇智波全族被灭，凶手只有一个人。”
暗部，大和与卡卡西翻看叛忍通缉手册。大和道，“真没想到会有把宇智波鼬列为通缉犯的一天，而且一下子就是S级。毕竟他杀害了那么多同胞。怎么了，前辈？”卡卡西道，“也就是说，到头来，我对他还是一无所知啊！对他完全不了解。”大和道，“听说宇智波地区要被拆除一部分。毕竟那里出了那么大的事情，保持原样的话，谁还敢靠近啊！”
听说宇智波区要拆除改造，卡卡西就来到带土的故宅，“带土，在那以后……我究竟做了些什么啊？我真是一无是处，没有保护好琳，也没有保护好你的族人，现在连你的故居都……”
晚上，三代火影单独接见了宇智波鼬。猿飞道，“你来这里，是有话对我说吧？我把其他人都支开了。”鼬道，“让你费心了！”猿飞道，“首先我得感谢你，这样一来木叶避免了内战，村子守住了和平。但我一直觉得很遗憾，因为实在没能找到其他办法。”鼬道，“非常抱歉！”猿飞道，“该道歉的是我。我想如果是水门和金宇在，也许就不会弄到这一步。从今往后，木叶不得不视你为杀害全族的叛逃忍者。你会被通缉，对你的抓捕不论生死。今后你打算怎么办？”
鼬道，“我借助一个自称是晓的组织的力量，我决定留在那人身边，防止他违背誓言。”猿飞道，“也就是说，你要加入晓吗？”鼬道，“为了保护佐助的生命，能否请三代也给我一个承诺呢？”猿飞道，“你的弟弟将继续维持现状，与其他孩子一样上学，成长为木叶的忍者。宇智波家留下的财产都由他继承，我可以保证他生活无忧。可他对你的仇恨，我真的无能为力了。”
鼬道，“我做好了背负这些憎恨的心理准备。”猿飞道，“走吧！包围村子的结界术式不会改变，担心佐助的话，可以随时潜回来看看，记住别让其他人发现。”鼬感动，“谢谢三代目！很遗憾，宇智波的人们理解不了你这番好意。”猿飞道，“哪里，是我太天真了，所以引发了这场悲剧。”
宇智波事变后，猿飞临时解散了团藏的根部，将其整编入直辖暗部，把更多的人员调到其他岗位上。小春建议成立新的警务部队，可是没有了宇智波一族，警务部队只好广招人才。门炎认为这样一来新的警备队的战斗力肯定会大幅度下降。猿飞道，“为了村子的将来，必须适材适所才行。”
——————数年后——————
又过了数年后，三代火影召见卡卡西，“你进入暗部多少年了？”卡卡西道，“我从四代那时进入暗部，屈指算来，已经有十年了。”猿飞道，“原本是为了让你抹去心中的黑暗，水门才将你调入暗部，为的是把你放在他身边。”卡卡西道，“这我明白。”
——————卡卡西的下忍考核——————
当琳、卡卡西与指导老师水门汇合后，带土才姗姗来迟。卡卡西讥讽，“带土，动作真慢啊！”水门笑道，“终于来了，你就是带土吗？”琳笑道，“等你好久了呢！”带土戴着护目镜大口喘气，“终于赶上了！”卡卡西冷哼，“迟到好久了！”水门打圆场，“他们都做完自我介绍了，就差你了。”带土一副臭屁的样子，“我是将来要成为火影的……宇智波带土！所以呢，刻我火影岩的时候，我的标志性风镜，还有写轮眼可千万不能漏掉啊！我要带着它们傲视群雄！让其他村子在我的火影岩写轮眼的怒视下，吓得胆战心惊，不敢轻举妄动！”
卡卡西捂住额头，“笨蛋，这些要求等你当上火影或者开启写轮眼后再提吧！况且，你带着风镜，怎么刻写轮眼啊！”带土恼羞成怒，“刻在风镜上面不就行了？”琳莞尔，“那样看起来，就好像眼珠子弹出来似得。”带土脑海浮现自己滑稽的雕像，当场菜了。水门露出温和笑容，“总而言之，很高兴收到了和我拥有相同梦想的部下。我叫波风水门，从今天起就是你的上司了。多多关照！”带土高兴地伸出大拇指。
水门很满意，“总之，咱们4个先开始第一次演习吧！”琳大声答应。水门站在前面，卡卡西人站成一排。水门道，“演习的目的是看你们的团队合作……”卡卡西与带土互相瞄了一眼，头上都滴漏汗珠。
水门取出两个铃铛，“只要从我手中抢走这两个铃铛演习就算结束，很简单吧！”卡卡西道，“只有两个铃铛，意味着……”水门笑道，“没错。”琳也明白了，带土还一头雾水，“什么意思？”卡卡西大骂蠢猪，“三个人里会有一个人不及格！”带土大叫起来。
水门笑道，“真聪明！好吧，开始了！”其实这个时候的卡卡西压根就没想过什么团队合作，而且水门似乎也没有意识到这点。演习当中，卡卡西佯装与带土、琳进行团队合作，巧妙地利用了两个同伴。从一开始，数次抢夺失败后，卡卡西就明白了水门的级数高出他们这些下忍太多，用正常的方法是无论如何也抢不到铃铛的，靠一个人根本不能达成目的。带土和琳也陷入了同样的困境，他们根本摸不到水门的衣角，水门仿佛永远站在那里不动一样。
卡卡西发现水门会根据对手来调整放水的程度，水门与带土、琳交手的时候相较于卡卡西交手的时候，明显放水的手法不一样。卡卡西是天才，实力远超过同班的带土与琳，所以水门才采取了这样的战术。卡卡西思索，“这样下去，百分百抢不到铃铛。为了完成任务……带土、琳，用学校里学的第一个阵型！”带土撇嘴，“哈？”琳道，“但我不认为那么简单的阵型，能对水门老师奏效。”
卡卡西道，“听我的！”琳道，“总得试试，对吧！”带土只好同意，“总比什么都不做强。你的计划，我参加了！”水门露出嘉许的神色，鼓励三人行动。三人围着水门绕圈子跑动，卡卡西在等待水门露出破绽的那一刻，“只要利用他们两个当诱饵，就能制造机会攻击那个破绽。”
在演习结束后，水门就让人全部通过了考核。卡卡西、带土、野原琳三人累得如同死狗，坐在地上喘气，汗水打湿了全身。当时水门的考核也是相当严格的。水门道，“就像这样，继续加强团队协作。”琳和带土一起应诺。卡卡西只是低头看了看手中的一个铃铛，后怕不已。如果当时水门判断卡卡西缺乏团队协作素养，被排除的人就是卡卡西了。
——————————卡卡西的下忍考核故事结束————