清军至八月底，共攻克十二座城池，大小五十余战战战皆胜，劫获人畜近二十万，就有财物无数，这时大明的勤王军连续到来，阿齐格顾虑大同的薛家军横插一杠子，于九月一日，携带掠获的二十万人畜及其大批物资从容出冷口，他们还砍下木头，写上“各官免送”字样扔于路旁，戏虐明朝文武官员。
大批的人畜物资用了四天才全部走出关外，明军怯战怕中清军诱敌圈套，眼睁睁看着清军满载而归，清军出关后，兵部尚书张凤翼装模做样的向崇祯报告：“斩敌三级”，朝廷言官纷纷上书弹劾张凤翼，张凤翼自知必遭重罪，深恨官军不肯用命，不愿入诏狱服大黄麻死于军营里。
勤王军中皆没有功力，唯有远道而来的四川石柱宣抚使秦良玉，崇祯皇帝喜她剿贼累立战功，又肯数千远道勤王忠心可嘉，当下晋封秦良玉一品夫人酬功，并亲制诗章作为特别的宠赐
不过阿济格也没有占到太大的便宜，有道是螳螂捕蝉黄雀在后，早就等在关外的薛家军和蒙古军一拥而上，硬生生从阿济格手里抢人畜物资，一般常识撤退时应该精兵殿后，阿齐格竟将辎重放在后面，自己率领精锐前行，薛家军和蒙古军杀到，阿济格眼睁睁看着自己抢来的人畜物资被抢劫一空。
阿济格惧怕薛家军竟不敢回军作战，任由薛家军和蒙古军满载人畜物资而归，阿济格只带得两成的人畜物资返回盛京，皇太极得知阿济格犯了兵家大忌后，将骄傲轻敌的阿齐格狠狠训斥了一通，考虑到是遇上薛家军，皇太极并没有处惩阿济格，既然抢大明便宜不大，皇太极把贪婪的目光盯在了相邻的朝鲜国身上。
崇祯皇帝重赏女英雄秦良玉之后，又把目光放在了另一个勤王将领右副都御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升，于九月二十二日任命卢象升为总督宣大、山西军务，卢象升知道总督宣大、山西军务除去大同、绛州两地，根本就是一个半残的总督，卢象升要求辞去总督宣大、山西军务一职，卢象升要求跟崇祯面谈面谈，也没有获得崇祯皇帝的同意，只是口谕卢象升相机处置大同、绛州两地的薛家军。
卢象升只好垂头丧气的去宣府上任，不过薛家军很给卢象升面子，把抢劫回来的人畜物资送给卢象升处理，这让卢象升非常意外，怀疑以前朝廷对薛家军的政策有误，卢象升秉公遣送发还人畜物资，没有让京畿的百姓再受一次伤，而宣大、山西地区的气氛也和缓许多，薛家军和卢象升都在打着各自的主意。
这时大明朝也有一件喜事，就是陕西巡抚孙传庭在崇祯九年七月，陕西子午谷的黑水峪之战中打了起义军中势力最强的高迎祥部，并俘虏了闯王高迎祥，崇祯得知高迎祥被俘的消息非常高兴，命令陕西巡抚孙传庭将高迎祥押往北京，并举行了的献俘仪式，仪式之后闯王高迎祥被凌迟处死。
原来崇祯九年正月，农民军闯王高迎祥、闯将李自成率部东围庐州，取含山、和州；农民军连营数十里攻滁州，被右副都御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升率领边兵总兵祖宽、游击罗岱等败于城东五里桥，农民军战不利，连营俱溃，北退五十里，被斩一千二百余级。
之后农民军屡战屡败，从朱龙关至关山，积尸埴沟委堑，滁水为不流，农民军失利后，北渡*泗州、徐州，农民军损失惨重，开始分路向河南境内溃退，卢象升急速追入河南境内围剿农民军，农民军最后逃入南阳府的内乡、淅川山中，三月中旬，闯王等又纷纷杀回陕西。
卢象升急速追入河南，布置各军围剿，一时河南境内，杀声震天，血肉横飞。农民军最后逃入南阳府的内乡、淅川山中，卢象升奈何不得。至此年三月，闯王高迎祥、闯将李自成等又纷纷杀回陕西。
不久建虏皇太极派多罗武英郡王阿济格为首领等统八旗兵十万伐明，明朝大军的重心转向京畿，右副都御史兼湖广总督兵部侍郎卢象升也挥师北上勤王，三月由右佥都御史顺天府府丞孙传庭替代剿贼无功的甘学阔出任了陕西巡抚，崇祯皇帝这回总算启用了一个文武全才的秦督。
孙传庭军事、经济都是行家里手，孙传庭主持陕西军务后，不断扩充自己的军力和粮饷，在西安周围屯田二万余项，从两万多官军中，选得精锐士卒一万一千人，税银、粮食都有所增加。
闯王高迎祥、闯将李自成逃回陕西后，孙传庭与洪承畴进行了工作分工，洪承畴重点对付陕北一带的闯将李自成等部，孙传庭则重点对付闯王高迎祥，高迎祥部退入陕南山区之后，由于这几年陕西、山西连年遭受旱灾、虫灾，发生大饥荒。饥民无粮，只得食树皮、草叶，树皮、草叶尽，乃人相食，甚有母烹其女以食者，闯王高迎祥在陕南山区无处觅食，人饥马乏，为摆脱困境，他决定走小路进攻西安，给官军来一个突然袭击。
谙熟兵法的孙传庭得知闯王高迎祥部突然消失，就猜到高迎祥欲效三国时蜀国大将魏延之计从子午谷出奇兵，子午谷是秦岭六条连接西南的大道中最险峻的一条，历史上多次有兵家企图偷渡，但却从来没有人成功过，孙传庭立刻做出军事部署，在闯王高迎祥部必经之路周至县黑水峪设置伏兵，准备以逸击劳歼灭闯王高迎祥部。
崇祯九年七月中旬，闯王高迎祥部果然出现在周至黑水峪，进入了孙传庭的包围圈，双方展开了四天的激战，此时天降大雨，高迎祥部已经连续多日断粮，人马处于半饥饿状态，在大战中渐渐招架不住，官军的包围圈越来越小。
关键时刻闯王高迎祥部下乾公鸡张二、一斗谷黄龙叛变。混乱中叛徒将高迎祥的部卒和坐骑拉走，高迎祥被官军包围无法脱身，只好脱下盔甲藏到草丛里，官军搜山将高迎祥生擒活捉。
孙传庭又乘胜在渭南和咸阳北原打了两个大胜仗，一时间是声誉鹊起，威名甚至盖过了总督洪承畴，高迎祥的败亡对民军起到了震摄的作用，农民军大首领张妙手、蝎子块向孙传庭投降，不久蝎子块复叛，被孙传庭安插的武大定杀死，农民军以高迎祥部实力最强的，蝎子块人数最多的，这两人都死于孙传庭之手，对农民军是一个沉重的打击。
五省总督洪承畴的运气就比较差，刚刚接手对付陕北一带的闯将李自成等部，宁夏镇士兵，因兵饷无措发生兵变，饥兵群起围攻官署。巡抚右佥都御史王楫因不能措饷，饥兵索饷无着鼓噪而杀之。
兵备副使丁启睿得都司熊大海之助率军镇压，捕获为首者七人，立即处斩，兵变才被抚定，丁启睿叙功保举熊大海为参将，熊大海与副将罗尚文击杀农民军整齐王于商洛山中，五月，副将罗尚文击杀整齐王于商洛山中。五月，熊大海配合贺人龙又于安定大败李自成部，丁启睿在熊大海身上得利不少，崇祯十一年冬，陕西巡抚孙传庭北上勤王，丁启睿升任右佥都御史，代孙传庭巡抚陕西。
李自成部在崇祯九年九月在汉中再次失利后，逃入四川、陕西、湖北的崇山峻岭，李自成收罗高迎祥旧部自称闯王，至崇祯十一年初才重回陕西。但不久李自成部在潼关一带连遭败绩，于此年八月率残部躲入川、陕、湖广省交界的山区，如果不是陕西巡抚孙传庭北上勤王，估计李自成难逃孙传庭的毒手。
闯王高迎祥、闯将李自成一死一败之后，崇祯皇帝加大了对张献忠、闻香教、建文后裔“奉天正义大元帅”部，张献忠所部遂成为潼关以东地区官军攻击的主要目标，张献忠所部转战于湖北、河南、安徽，多次打破官军围追堵截，入河南袭破许州，杀掉了左良玉的哥哥游击潘可大等人，缴获物资巨万，可是张献忠独木难支，开始跟官军媾和，准备用假招安欺骗朝廷。
闻香教虽然有杭州薛家军的武器支持，可自己控制的汝宁府资源有限，几年大战下来，闻香教几乎无兵可招，这时徐鸿儒发现自己被薛家军当了枪使，高迎祥、张献忠、李自成失利后，河南官军副将陈永福、参将薛十三、客军参将薛综偷袭了闻香教都城商城。
闻香教都城商城被破后，官军四处杀人放火，中兴福烈帝徐鸿儒从皇宫中逃出，被参将薛十三追上一阵混战，徐鸿儒虽然武功高强，奈何也不是铜筋铁骨，身中多出刀伤箭伤，被大元帅徐三姐抢走，大将军徐老七殿后被薛综部斩为肉泥。
崇祯九年十月十七日，中兴福烈帝徐鸿儒伤重毙命，大元帅徐三姐收拾到残部不足一万人，后勤辎重家属教民几乎损失怡尽，在颍上被追来的河南副将陈永福一阵厮杀，徐三姐只带着三千多轻骑逃往中都凤阳府。
崇祯九年十月，福建参将郑芝豹得到援军后，配合浙江、河南官军围剿“奉天正义大元帅”所部，三路大军属河南方面的薛家军最为彪悍，薛十三、薛综和新加入的薛博部，追着“奉天正义大将军”黄希达打。
黄希达虽然拥有四万军队，可面对薛十三、薛综、薛博的八千人马竟然七战七败，四万人马剩下不足一万人，而大本营金华府也被福建官军攻破，“奉天正义大元帅”白衣书生下落不明，至此黄希达开始在浙江打游击，有的黄家子弟也暗中联络家主黄希圣。
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