就在黑暗船长乘坐传送电梯下降前往核心系统室不多久，黑暗战舰的前方炮塔随即传来捷报，声称已经击中‘嫦娥一号’宇宙飞船。于是，指挥塔的黑暗船员们在确认‘嫦娥一号’宇宙飞船的主引擎已经被炮弹击中，从而丧失动力，成为漂浮在太空中的活靶子。心生歹意之下，黑暗船员们随即命令前方炮塔停止攻击，并且操作黑暗战舰，后退了很远的距离，之后，才向全舰官兵宣布：黑暗战舰准备使用‘星际光束炮’把兔子王国的民用宇宙飞船化作一团太空尘埃。
于是，负责操作主炮的黑暗船员就报告：“黑暗战舰启动‘星际光束炮’，攻击目标是前方兔子王国的民用宇宙飞船，目前已经确认黑暗战舰正处于安全射击距离。”
而负责控制能量的黑暗船员也报告：“目前黑暗战舰的‘星际光束炮’已经启动，距离能量填充完毕还有十分钟的时间。”
此时此刻，指挥塔里面，随即响起了黑暗船员们那雷鸣般的掌声：“哈哈！这些兔子总算完蛋了。……”
久拖不决之下，当孩子们从舰内广播中得知‘嫦娥一号’宇宙飞船已经遇险的消息，为了赶在‘星际光束炮’射之前，他们就马不停蹄地冲向黑暗战舰的核心系统室。只是，不等前方核心系统室的大门自动开启，心急的王可却是挥舞屠龙宝刀使出了魔法‘爆炸剑法’。于是，一阵猛烈轰击之后，整个核心系统室的钢铁大门，随即被王可的魔法给炸成了一堆碎片。只见，黑暗战舰的核心系统室，是一个有体育场大的半球体密闭控制室，里面有很多悬浮在半空中的数据方块，如同水晶一般闪亮，至于位于核心系统室中央的是一颗悬浮在半空中的黑色球体，而黑色球体所延伸的网线缠绕着一个人形机器，那就是黑暗船长。
因此，眼见大门被炸开以后，核心系统室里面却是进来了五个身穿魔法装备的魔法师，大感意外的黑暗船长随即惊讶：“可恶！你们这些愚蠢的孩子。你们怎么会是魔法师呢？”
奇怪了？我们为什么不能是魔法师呢？虽我们这些人是从二十一世纪过来的新人，但是好歹也是经过历练，而且，还获得过魔法联盟武林大会的少年组冠军队呢！想到这里，觉得黑暗船长大惊怪的王可倒是大笑：“哈哈！黑暗船长！我们本来就是魔法世界里的魔法师，看我们身上的名牌装备就知道了，有什么好奇怪的呢？”
正因为如此，听到黑暗船长的无聊问题，无心理会的孩子们倒想要来一个战决。而在争取时间的情况下，陈明就举起天地权杖使出了魔法‘召唤火麒麟’。这时，在核心系统室的水晶地板上，随即出现了一幅红色的光之魔法阵，身强体壮的火麒麟就从魔法阵里缓缓升起。结果，就在这个时候，火麒麟马上使出了绝招‘喷射火焰’，只见得，张开的獠牙大嘴里面立刻出现了无数颗红色光球，当红色光球聚集在一起，一团红色火焰就向黑暗船长起攻击。然而，为了对付火麒麟的绝招，黑暗船长马上启动了防御屏壁。因此，火麒麟射的高温火焰却是无法击穿防御屏壁。庆幸之余，黑暗船长就使出了绝招‘能量弹’，而在一阵投射过后，火麒麟就被黑色光弹打飞出去。
不过，这个时候，狡猾至极的黑暗船长却是使出了双重手段。于是，声东击西之下，黑暗船长在左手投弹的同时，它的右手却是积聚能量对陈明起了突然袭击。幸运的是，赵智及时使出了魔法‘防御术’，要不然，在‘能量弹’的攻击下，陈明那是非死即伤。此时此刻，考虑到，这五个魔法师拥有比较强的实力，为求各个击破，黑暗船长随即使出了魔法‘召唤野人王’和‘召唤巨灵神’。而在一阵召唤过后，只见，野人王能够直立行走，身高有十几米，手长垂至膝，脚大，双眼朝前，面似人脸，毛长色黑红，至于，巨灵神是传中的天界战将，力大无比，手拿两把大斧，身穿金刚盔甲。与此同时，在召唤两只召唤兽助战的情况下，黑暗船长右一挥，随即召唤出了无数的‘能量弹’，居高临下之下，数量众多的黑色光球立即向底下的那些孩子持续扫射过去。无奈之余，使用‘防御术’的赵智在展开蓝色半球体结界以后，得到保护的庄月也使出了魔法‘流星箭’来阻击空中那些飞袭而来的黑色光球。
兵分三路之下，手持幻海舞扇的李樱就在赵智展开的蓝色半球体结界里面，开始跳起了‘火龙之舞’，陈明就使出了魔法‘召唤大熊猫王’，从而让这头巨兽去抵挡野人王的攻击，而王可也挥舞屠龙宝刀去跟巨灵神一较高下。因此，三路混战之际，舒展在舞台上的李樱随即扬袖飘舞，宛若飞燕，那千般娇姿，那万般变化，似孔雀开屏，似莲花绽放，舞姿轻灵，身轻似燕，身体软如云絮，双臂柔若无骨，步步生莲花般地舞姿，如花间飞舞的蝴蝶，起伏进退，下腰轻提，旋转飘飞，那婀娜的舞姿和生动的眼神，就象仙女在万里长空中迎风而舞一样优美自如。轻舞飞扬之下，李樱脚下的地面出现了一幅红色的光之魔法阵，而在舞蹈召唤过后，核心系统室的上空就出现了五颗红色大光球，并且化作了五条大火龙。最后，群龙乱舞之下，随着核心系统室化为了一片火海，大半的电子仪器设备就来了个一次性报废。
与此同时，陈明的大熊猫王在一番苦战以后，就用百万拳击打倒了野人王，一旁的王可也凭借最后的一招：狂风刀法，从而打败了巨灵神。结果，鉴于在核心系统室已经被李樱破坏得千疮百孔，这时，黑暗战舰立刻动力全失。正因为如此，千钧一之际，正值将‘星际光束炮’能量全部填充完毕，黑暗船员本打算将停留在前方太空中的‘嫦娥一号’宇宙飞船给一炮击毁。可是，就在这个节骨眼上，黑暗战舰的能量控制却是出现了暴走状态，无法控制之下，黑暗船员们随即意识到了事态的严重性。另一方面，等到防御屏壁自动关闭，满脸惊恐的黑暗船长就如同活靶子一样，暴露在了王可的面前。
于是，在赵智的提醒下，心领神会的王可马上停止破坏行动，并使出了轻功。这时，脚踏清风之下，王可就转而使出了魔法‘次元剑法’来攻击黑暗船长。而在脚踏悬浮在空中的水晶方块，一路攀高以后，只见得，王可手中的屠龙宝刀突然涌出了大量的蓝色剑气，这些蓝色剑气就瞬间聚合成一把能够斩断空间的次元刀。因此，当巨大的蓝色光刀从黑暗船长的面前一晃而过之后，它的身体在瞬间，就被次元刀切成了两半。最后，看到战败的黑暗船长像黑雾一样消失不见，轻松取胜之下，特洛伊木马攻城战随即打破了黑暗战舰的不败神话。
不过，眼见黑暗战舰在这个时候开始土崩瓦解，赵智马上提醒：“不好！因为我们破坏了黑暗战舰的核心系统室，所以黑暗战舰已经启动的自毁系统，我们必须赶快撤离这里，不然，就要跟黑暗战舰一起埋葬在宇宙中了。”
头之下，大家随即决定：“那好！我们赶快离开这里吧！”
有鉴于此，脱离黑暗战舰的孩子们就乘坐雷龙神飞回了‘嫦娥一号’宇宙飞船，得知情况的兔子长老随即命令兔子船员们启动‘嫦娥一号’宇宙飞船的辅助引擎，勉强进行撤离。至于，一阵巨大星际大爆炸过后，号称为宇宙航母的黑暗战舰，随即化为了一团宇宙尘埃。而直到最后一刻，那些黑暗船员和士兵仍然不明白，已经拥有无敌防御系统的黑暗战舰为什么会走向最终的覆灭？