地方的行政机构就这样先决定下来，接下来是对杭州的行政机构进行一些调整，现在杭州行政部下面共有九个部门，分别教育司，财政司，仲栽司，农田司，工建司、商务司；另外还有直接对商毅付责的审计司、文书司和宣传司。在划分上，也属于行政部管辖。
这九个部门，差不多也涵盖了一个政府除了军事以外的基本行政部门，但现在商毅的管辖区内，和明朝相比，也出现了一些明显不同的地方。
首先是手工业方面，由于商毅制定的政策基本都含有扶持手工业发展的内容，因此在浙江地的手工业发展十分迅速，注册的工厂己经超过了一百五十家，其中超也五百人规模的中大型工厂有二十八家，而超过千人规模的工厂，有十二家，另外注册的以家庭为单位的手工作坊，己经超过了二千家，这还不算那些半农半手工的家庭。而且产业包括纺织、丝绸、造船、木作、印刷、机械、治盐等等。
现在浙江地区完全依靠做工维持生存的人口，己经有十万以上。所谓的资本主义萌芽，已经得到了长足的发展，而工人阶级这样一个全新的阶级，也正在逐渐形成中。现在对工厂、手工作坊的管理，还属于商务司。
还有就是对外贸易和交流，对外贸易自不必说，己经成为浙江地区的最重要财政收入来源，而且随着对外贸易的扩大，对外的交流也随之扩大，现在己经有荷兰、英国、葡萄牙三个国家在浙江地区开设了半官方的商馆，另外至少还有十个国家的商人经常来往杭州经商，因此商毅才打算在杭州专门建立一个外商的聚集区，对外商、包括外籍人员进行统一管理。现在这些事情也全都甩给商务司在管理。
当然这些也还都是属于商业范围內，由商务司来管，也说得过去，但随着商毅势力的发展，不管是否宣布自立，早晚都会对外建立官方的来往，如果还是由商务司来付责这些事情，就形得有些不伦不类了。
另外由于商家军是一支以使用火器为主的军队，加上商毅应用了一些新技术，使浙江地区的开矿、冶金水平和规模也都有了长足的发展，不仅开设了一家大型的冶钢厂，同时还需要大量进口各种金属矿产，这也是浙江地区的主要进口物资，因此现在开矿、冶金也成为一个速度发展的产业。目前开矿和冶金事务还是归属于工建司管理。
和冶金、开矿道理相同的是纺织业，现在的浙江出口的商品中，纺织产品占了相当大的比重，包括丝绸、刺绣、绵布、生丝、纱等等商品，而浙江地区的工厂、手工作业也有一半以上都与纺织业有关，因此纺织业也成立浙江地区的第一大支柱产业。而所有纺织业都属商业部管理，显然有些不合适了。
在这种情况下，现有的这九个部门显然是己经无法满足于发展的需要，因此商毅也决定，增设工业司、对外贸易交流司、矿产冶金司、纺织司这四个部门。
工业司付责管理各工厂、手工作坊的生产事务；矿产冶金付责管理开矿、冶金等事务；纺织司付责与整个纺织行业有关的各种事务，而对外司则分为两块，一块付责对务贸易，另一块付责对外交流来往，因为现在对外主要还是贸易来往，商毅暂时还用不着一个外交部，等以后条件成熟之后，再进行分离。
但凡事有利就有弊，部门分得细了，虽然可以使管理更方便，更专业，也更直接，但也出现了一些新的问题，不少事情需要几个部门同时管理，比如一个炼钢厂，因为这既是工厂，又有商业行为，首先要在工业司和商业司注册，同时炼钢又属于冶金行业，因此又要经过矿产冶金司批准，如果要进口矿石，侧还要通过对外贸易交流司，再加上完税需要的财政司，建厂房又需要通过工建司，因此前前后后一共要和六七个部门打交道。
一个丝绸厂也是一样，虽然不用和矿产冶金司打交通，但又多了一个农业司，因为织造丝绸要种桑养蚕。虽然不像后世那样，一件事情要跑十几个部门盖章，但也比过去要麻烦得多了。因此商毅的这个提议也遭到了一些人的反对和质疑，也有人认为可以只成立工业司、对外贸易交流司这两个部门，而矿产冶金司、纺织司则可以先挂在商业或工业司下面，先观望一段时间再说。
不过商毅也知道，世界上不存在绝对完美无缺的制度，随着生产社会化，分工会越来越细，而管理也会越来越细，这也是大势所趋，想拒绝这种发展趋势是不可能的，只能从提高各部门的办事效率上着手解决。因此也不厌其烦，向众人反复说明增设这些部门的道理。
但尽管如此，在最后投票的时候，还是只通了成立工业司、对外贸易交流司这两个部门，而矿产冶金司、纺织司则被否决掉。
当然如果商毅一定要硬行，也可以利用自己的威信影响，强行通过成立这两个部门，但从维护投票制度的角度出发，也就顺应众人的意见，收回了自己的方案，并且立刻拿出一个备选方案，即变冶金司、纺织司为冶金所、纺织所，冶金所将归属在工业部下，而纺织所则归属在商业司下。
这一点到是得到众人的同意，因为众人也都清楚，从现在的发展情况来看，冶金业和纺织业也确实需要有专门的组织来进行管理，这一点在过去的明朝也是一样。因此也得到了通过。
当然这些事情，并不是在一天通过，而是经过了三天的时间，进行了无数的讨论、争辩，说明解释，总算是对商毅集团下一步的发展，以及行政组织结构都制定了一个明确的目标。
而在会议的最后，商毅也正式宣布，在以后的主要行政决策时候，都用这种无记名投票的方式来解决，做为一种正式的决策制度保留下来。
同时商毅也制定出无记名投票的暂行制度：
一、投票方式为无记名投票，內容包括“同意”“反对”“弃权”三种，任何决意都必须超过半数的有效“同意”票，才能够获得通过。而某些重大决策，则需要超过七成有效“同意”票，才能够获得通过。
二、参与投票的人由目前成立的十一个部门主事，再加上属于行政司的周士奇、王夫之、李岩、以及商毅或叶瑶瑱，一共是固定十五人，另外在某些重大决策方面，还有可能邀请一到两名相关人员参与。而商毅或叶瑶瑱则允许投出两张票。这是他们唯一的特权。
三、进行投票的提案，可以由投票人提出，也可以由非投票人提出，首先可以进行讨论，由提案人说明提案理由，并回答其他投票人的相关询问，直到无人提问时，才进行投票决策。
四、在目前阶段投票仅限于行政事务，统战部的决策将由统战部来制定，不在投票决定的范围以内，行政部必须无条件服从。
五、某一决策，连续经过三个方案都无法通过的时候，商毅或叶瑶瑱有权力直接决定选择其中方案之一或是新方案，无需再进行投票。
在以前的时候，虽然毎一次开会决议时，商毅都会尽力征求每一个人的意见，但最终的决定权，仍然在商毅一个人的手上，从理论上说，就算是所有的人都反对，但只要是商毅坚决要求执行，还是能够最终通过。只不过商毅基本沒有做得这么极端。
而现在随着自己的势力扩大，国家体系己经渐成雏形，商毅也要开始考虑未来的国家制度。因此从这时开始，首先引入投票决策制度，实际少数服从多数，以群策群力代替独策的原则，是建立自己的国家制度的第一步。
当然在目前的情况下，不可能完全以群策代替独策，由其是在战争的时候，个人独策要比群策更有效率，也更有用，就是这个道理，总不能说仗怎么打，由大家来投票决定，因此商毅在制定投票决策的暂行制度中，也给自己和统战部，留出了很大的一块特权出来。
不过众官员对这五点暂行方案都没有任何疑义，都认为这种无记名投票决策的方法很不错，一来是可以减少了许多扯皮拉筋的事情，另外也说明商毅的开明态度和胸襟，并不是一个喜欢独揽大权，任何事情都独断专行的人。毕竟没有人希望自己事奉这样一名君主。
而且对商毅拥有两票的特权，以及后两条权利，众人也沒有任何反对的态度，一来是现在确实还是战乱时期，一切都是优先考虑战争，而在这方面，十个庸将加在一起，也敌不一个名将，行政部的官员也显然没有专业的武将在行。二来这个时代的中国人还沒有什么民主概念，皇帝说了算是天经地义的事，官员只有建议、劝告的义务，谁也不能当皇帝的家，能够分到有一点决策权力就己经很满足了。