就在商家军的舰队以巨舰重炮轰开了曰本国门的时候。商毅在南京正式招开了江南四方会谈，制订南方的四个政权同时存在的规则。
参加四方会谈的代表是，南京方面的代表是李岩、李松晨；永历朝廷的代表丁时魁、吴贞毓；永安朝廷后代表张煌言、尚之孝；绍武朝廷的代表郑鸿逵、顾元镜。另外还有三名中立方的代表吴甡、史可法、黄宗羲，付责从中调停，协调各方的关系。
整个会谈足足进行了一个多月的时间，过程也十分曲折，四方代表为了自己一方的利益，全部都尽力据理力争，寸步不让，多次中断了会谈的进程。在整个会谈其间，一共发生了七次休会暂停，甚致还有两次有代表威胁要退出会谈，而在桌面下的暗箱操作，威逼利诱，拉陇分化等等手段，更是不计其数。
不过现在南方的四个政权一强三弱的事实是不可改变，三个南明朝廷都是处于弱势的一方，但本身都不思进取，不能励精图治，奋发作为，而且在互相之间还都不能相容，难以组成一个联系紧密的同盟来对抗南京，因此在会谈的大趋势上，也只能被南京政府牵着鼻子走。
但经过了艰距的反复协商，扯皮拉筋之后，终于在十月五日这一天，达成了一致的意见，签定了协议。
协议首先规定，正式承认永历、永安、绍武这三个明藩朝廷的合法地位，互相并尊，如遇会议、会盟、签定协议，则以各朝廷皇帝的辈份、年龄来分列位次；各朝内部的内政自主，官员任命、岁赋役征，其他各方都不得干涉，；南京方面也承认奉立三个明藩朝廷为正朔，在公文来往方面，以臣属自居。而三个明藩朝廷也共用正式策封商毅为靖北王，将湖广、江西、浙江、南京四个地区确定为商毅的封地。
这一点是确定现在南方秩序的大原则，也是经过了最激烈的争吵，由其是永历朝廷，因为永历朝廷的皇帝朱由榔是祟祯、弘光两个皇帝的堂弟，从血缘来说算是最近的，因此一直都以正统自居，当然不甘心和其他二个朝廷并列，相比之下，永安、绍武两个朝廷因为血统较远，到是能够接受这个事实。结果以三比一的优势为压永历朝廷。
为此永历朝廷的代表还闹出了第一次退出。但南京方面对此也早有准备,通过私下的渠道，警告永历朝廷，一但为此而退出，那么等南京、永安、绍武三方达成一致之后，将联合出兵，同伐永历朝廷，后果很严重，自己看着办。结果永历朝廷的代表果然害怕了,也只能服软。
不过商毅表示仍然奉立这三个明藩朝廷为正朔，也算是给足了他们面子，尽管谁都知道，这仅仅只是在名议上，但回去之后也能够自圆其说。而对南京方面来说，重视的是实利，而不是虚名，何况南京政府本身就是一个独立的政权，基本上也不会和三个明藩朝廷有什么官方来往。
而三个明藩朝廷承认商毅靖北王的称号和封地，也不过是顺水推舟，因为商毅己经称王了，封地也占领了，承不承认也都一样。
协议的其次内容，是正式确定三个明藩朝廷的疆土范围以边境，并且规定发生摩擦事件，只能用协商解决，或请第三方调解，但在互相之间不得无故兴兵袭犯，否则其他各政权将联合对其进行打击。而除目前各方所拥有的地区之外，其他的地区将由各方自己抢占，谁打下来归谁。
在承认了第一条的大原则之后，这一条是争议最小的，因为三个明藩朝廷都是不思进取，得过且过之辈，能够守着自己这一亩三分地，当几天太平皇帝，过几天舒坦日子就心满意足了，别人不来打自己就谢天谢地，谁都没有兴趣再去打别人，致于统一天下，还是算了吧。而各朝廷内部的官员也都忙着争权夺利，能够在一个外部稳定的环境中争权夺利，当然也受各方的欢迎。
协议的最后内容，都是针对清廷的。包括的内容有：南方各朝廷都与清廷势不两立，以收复失地为己任，并且约定首先收复北京的一方，将为天下共主；与清廷发生任何官方来往、签定和约、南方都必须以一个整体进行，任何一方都不得私下与清廷签定任何协议、和约；任何一方遭受清廷或其他势力的攻击，其他三方都有义务出兵支援；而三个明藩朝廷如果要出兵北伐，商毅将为其让路。
关于这部份内容，其他的到没什么，因为现在长江中下游都是商毅的地盘，除了永历朝廷有一部份和四川接壌之外，其他都和清廷没有直接相邻,谁都不担心清军会打过来。因此签定四方攻守同盟，永历朝廷也很满意，而其他两方也都没有意见。
而争意最大的是收复北京者为天下共主，因为谁都知道，现在的南方有实力收复北京，只有商毅。因此这一条等于是为商毅量身定做，但谁也无法提出反对意见来，毕竟不能说自己收复不了北京。
而对南方除商毅之外，唯一一个真心想和清军作战的郑成功集团，商毅也在私下答应他们，下一次与清廷作战，一定会叫上他们一起出兵。并且在长江北岸的沿海地区，也让出一个地方，供郑军驻军，屯积粮草物资。因此郑成功集团也全力支持这项协议。
当然还有一些其他的次要内容，比如各方都将开放各自的边境地区，互相通商往来，降低关税，流通商品贸易；允许［杭州时报］在其他三个朝廷内自由发行；南京政府也邀请三个明藩朝廷派遣官员，留驻南京，以便于互相联络沟通等等。因为这些事项并不涉及各方的根本利益，到也并没有引起多少争议，很快也就确定下来了。
这份在后来被称为是南方抗清统一战线形成的标志性文件，也就是这样被捣鼓出来了。而在后来的档案、历书中，将这件文件称为【南方联盟协议】。
各方代表在协议上签好名之后，也都带着各自的一份协议，离开南京，返回自己的朝廷。不过在各自的朝廷中又都引发了一场争论，有人赞成、也有人反对。不过各方的实权人物心里都清楚，现在南方三朝廷根本无法与商毅相抗衡，而且这协议对自己来说也多少有一些好处，而不利的地方，似乎在目前还真的没有，一但不承认这协议，万一把商毅给遭恼了，真的打过来怎么办？
另外其他三方的不少大臣们也都有这样一个想法，反正有商毅在前面挡着清廷，就让他去和清廷硬拼，等到他们拼个两败俱伤，自己也好坐收渔利。因此在这多重因素之下，虽然也经历了一番争吵，但最终还是认可了这份协议。而随后各方又都各自投入到权力斗争当中去了。至于协议，也没人再理会。
三个明藩朝廷內部的事情，商毅从情报部门那里也都陆续知道一些，大体的发展并不出他的预料，虽然从理论上说，签定的协议本身并没有太大的约束力，随时都可以被撕毁，但三个明藩朝廷肯派人到南京来参加会谈，就基本表示了各方对会谈结果的主要态度。而且协议也充份照顾到各方的现实利益，因此在时局没有发生明显的变化之前，各方也都不会轻易违反这份协议，至少也可以维持一段时间。
那么在短时间内，自己也不用把主要的精力放在南方，而是可以将大部的注意力放在北方的清廷，以及海外。
同时第二次琉球战役，以及进攻日本，袭击江户的战斗消息也都陆续传回到南京，战事的进展也十分顺利，一直都按照商毅预定的计划进行，也让人十分放心。因此现在商毅的主要精力还是放在自己內部的调整上，现在要做的事情还有很多，安排一直排到了今年的年底。
而首先要做的，就是举行称王仪式，虽然现在商毅己经称靖北王已经有三个多月了，在南京政府的文件上，也己经使用靖北王的称呼，而且也得到了三个明藩朝廷的正式承认，但由于四方会谈的进行，以及其他的事务商毅始于都没有举行一个正式的加冕仪式。虽然只是称王，但也仍有一套十分复杂的程序和仪式,在中国古代,对这一套程序是非常重视的,因此从理论上说，商毅这个靖北王还不算是名正言顺。
现在其他事情都告一段落，四方会谈也取得了比较好的结果，因此周世奇、王夫之、李岩、李格非等人也向商毅进言，应该在南京筑台祭天，选择一个良辰吉曰,正式登台,进冠冕,玺绶讫,面南背北称王。
商毅虽然不喜欢这些繁琐的仪式，但也不好弗众人的意愿，因此也只好同意，但要求一切仪式，都尽量简进行。