这时的清军的船队根本就没有抵挡之力了，虽然有几艘和商家军的战船靠帮，但淸军的船小，士兵们难以爬上商家军的战船去，何况在每一艘商家军的战船上至少都有几十支步枪守卫着，也跟本不给清军登船的机会。而且过不了一会儿，商家军战船的侧舷火炮就会在最近距离內开火轰击，只用一轮火炮齐射，就足以将清军的战船打散了架。因此蹬船作战根本就没可能施行。
而就算是有一些火箭落到甲板上，也不要紧，因为清军火箭的数量不多，燃烧力有限，而且在每艘船上都有专门付责灭火的水手，而且使用的灭火工具并不仅是水，还有糊状的泥砂浆，只要是有火箭落下，一勺泥砂浆倒上去，就是火油点着，也可以马上就盖灭了。
因此清军对商家军几乎造不成任何的危胁，只能任由商家军的战船在自己阵中直线突进，然后任意开炮轰击。
清军的水军大部份本来就是由降军组成，一开始还能仗着自己船多，可以顶一阵子，但随着商家军的战船在清军阵中突进深入，双方近距离接战，发现商家军的海军不是靠船多就能够战胜的，清兵们顿时都泄了气，何况商家军的火力还如此猛烈，因此谁也沒有心情再打下去了，纷纷都只想着撤退。
但这时清军的战船还有一百五六十条，而且己经阵形大乱，谁都想早一点逃跑，但船在水里的运动可不像人在岸那么灵活，再加上互相都争先恐后，你抢我夺，江面也只有这么多的地方，结果有不少战船都互相拥挤、碰蹱，反到是挤在一起，谁也动弹不了。还有几艘船因为碰蹱，进水下沉。
在这种情况下，商家军的战船只用对准一个大概的方向开火，几乎就能够百发百中。因此整个战场也都成为商家军的打靶练习。
不过淸军的战船数量实在是太多了，在外围的战船先撤离了战场之后，江面上的空间也渐渐开阔了起来，因此也有越来越多的战船都有足够的活动空间。而先调头撤离战场的战船，侧纷纷拼命的摇桨荡橹，向龙山船厂里逃跑，而还有三十多条实在逃不了战船，只好选择向商家军投降。
这一战的目地可不仅仅只是打败清军的水军，而是要连整个龙山船厂全都催毁，彻底消除淸军的海上力量。因此黄震也立刻下令，只留下十艘船来处理接受淸军的投降事务，其余的战船分为三路纵队，追求清军的逃跑船只，向龙山船厂发动进攻。
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就在商家军的海军向龙山船厂进攻的时候，在南京的外线，成进也率领着自己的人马，向高淳县发动进攻。
这一次进攻高淳县的是第一军的第一、五师，第一、五旅。另外还有一个骑兵团。剩下的第九师由副军长赵英杰带领，留守建平县。
高淳离建平大约有五十里的路程，因此虽然这一战也是在十二月三十日这一天开始，但在二十九日中午，成进就带着第一、五师先行动身出发。在当天的黄昏时分，人马到达离高淳只有十里距离的广通镇驻扎，由于到达广通镇的时间，天色己晚，因此虽然是近在咫尺，但高淳县的清军对此并没有一点查觉。
休息了一夜之后，第二天一早，成进立刻带领着两个师，直扑高淳县而去。
淸军付责守卫高淳县的守将是镶黄旗的巴牙喇纛章京苏拜，守军中有满汉甲喇各三个，但没有火器。因为淸军的所有火器都被阿济格集中用来进攻南京。
得知商家军的大军杀到，苏拜也不禁大吃一惊，他十分清楚高淳的重要性，一但高淳失守，整个南京外围的防线也就将被突破，阿济格固然饶不了觉罗巴哈纳，但在此之前，觉罗巴哈纳肯定会先拿自己开刀。因为苏拜一面急忙派人向驻守在宁国府的觉罗巴哈纳救守，一面也下令全军，死守高淳县。
好在是苏拜在高淳驻守之后，也准备了不少守城的物品，也抢筑一些防御工事，由其是在这次南征之前，苏拜阿尓津也听说过，商家军攻城惯用火炮先轰开城门或炸开城墙，然后再出动步兵进攻。高淳只是一个内地的县城，城墙并不算坚固，因此苏拜也做好了等城墙被打开之后，和商家军进行白刃战的准备。
但等商家军发动进攻之后，苏拜才算知道，为什么和商家军交过手的清军，一说到商家军的火力的时候，都会变颜变色，一脸惊恐。因为商家军的火炮一但开始，就是石破惊天，山动地动，苏拜甚致觉得，仿佛整个城墙都要被轰塌了一样。自己之前修筑的那些临时的防御工事基本都没有起到任何得作用。
转眼之间，整个城墙几乎都被浓烟所覆盖起来。而且有不少在城墙上守的清兵都被爆炸的余波所震，死伤无数。因此苏拜只得下令，全军都退下城墙，到城里去躲避商家军的炮火，并且准备在城墙被炸开之后，和商家军进行白刃战。
淳安本来就只是一个普通的县城，在商家军的连续轰炸之下，大约用了半个多小时的时间，就城墙上炸开了五六个大小不一的缺口，而商家军的火炮也都停止的轰击，几队士兵从火炮背后越众而出，向淳安县的县城推进了过来。而苏拜也赶忙趁着这个机会，把士兵又都从掩体后来叫出来，守在每一个缺口后面，准备好刀枪弓箭等武器，只等待着商家军的士兵进攻过来。
但后来的进程却大大出乎了苏拜的预料之外，因为商家军并没有直接向每一个缺口发动猛攻，而是在距离城墙只有二百步以内的距离时，又停了下来，并且在一次在阵地前架好了火炮，而这一次所用的，基本都是小型火炮。然后对准了各个缺口，再一次开炮轰击。
虽然小炮的火力比重炮要差得多，但这一次商家军的目地己经不是城墙，而是缺口后面的清军，因为距离太近，因此火炮射击的精准度也大大增强了，在每一轮火炮发射之后，总会有近半数的炮弹落在缺口中，顿时将守在缺口后面的清军炸得死伤无数。而在这个距离上，淸军的弓箭手根本就没法射到商家军的炮兵阵地。淸军在无奈之下，只得向城里后退，或者是躲在远离缺口的侧边。
而等到将缺口正面的清军都清除干净之后，成进这才下令，命令步兵开始正式向城里发动进攻。
因为在缺口正面己经没有清兵守卫，商家军的进攻步兵也十分顺利的就到达了城墙边，首先由前排的十几士兵向缺口处扔出手榴弹，然后趁着爆炸发出的浓烟，冲过了缺口，杀入高淳县里。
在后面观战的成进也对这次攻城作战十分满意，看来这几个月来的辛苦训练到也没有白费，步炮之间的协作配合也算是令人满意，虽然高淳并不是什么坚城，但从攻城战开始，一直到突破城墙，进入到城中，在这个过程中，商家军几乎没有损失什么兵力，也算是十分难得了。
虽然按照一般的常识，被敌军攻入到城中之后，那么城池也基本就算是被攻破了，就算守军还负隅顽抗，但也抵挡不了多久了。但这一次的战斗却是有所不同，商家军在突入城里的过程中，虽然并沒有受到什么损失，而同样的清军的损失也不大，现在完全还是有和商家军一战之力的，因此等商家军冲入了高淳县城里之后，一场白刃战也就不可避免了。
而且清军的主将苏拜虽然完全没有想到，自己竟然连一个时辰都没有坚持到，就被商家军攻入了高淳城中，但这时他也没有別的可走了，因为一但高淳失守，自己就算是逃出了性命，也难以活命，现在只能够咬紧牙关，坚持死战，也许还能守击退商家军，就算是战死在城里，也再所不惜。因此苏拜也身先士卒，带领着清军，在城中死死据守，咬牙苦战。
双方立刻在高淳县城中短兵相接，展开了一场激烈的战斗，而在清军和商家军之中，伤亡的人员也在大量产生。
但在突入到城军作战之后，清军己经没有任何优势，而且现在商家军的白刃战能力距离清军虽然还有一定的差距，但已经相差不远了，而且商家军已经能够很好的使用火枪射击、手榴弹等武器结合白刃格斗，当然也占了不少便宜，实际的战斗力，己在清军之上，另外在攻破了城墙之后，商家军正是士气高涨，也能够补充战斗力上的差距，而清军现在其实己是困兽犹斗。同时在总兵力上，商家军也在清军之上，因此无论清军多么拼命，但这一战的结果其实早就己经注定了。