就在商毅和郑成功达成浙江、福建两省互相协作抗清的协议时，洪承畴一行人也到达了南京。不过在来南京之前，洪承畴首先到达归德府，见到了豫亲王多铎，向他传交了多尔衮的命令，并给多铎加平南大将军衔，给阿济格加扬威大将军衔,并且请多铎随自己一起渡江，到南京主持大局。
因为这一次洪承畴到达南京之后，首先的任务，是要调阿济格北还，那后才能重新整顿清军。但尽管现在洪承畴大权在握，有便宜行事，先斩后奏之权，但这些东西对阿济格来说都没有，只有把多铎带上，才能制得住阿济格，同时也能稳住江南的清军。而且现在清军的重心在江南，阿济格北还之后，多铎肯定是要到江南去坐镇的。
看了多尔衮的诏书之后，多铎也清楚兄长的用意，而且他也对阿济格冒失的对吴、尚二人的处理非常不满，因此也把归徳府的事务料理了一下，命正黄旗固山额真谭泰代替自己驻守归德府，主管江北的军务，命正白旗固山额真阿山驻守徐州，以防鲁南的商家军。贝子尚善驻守凤阳，牵制扬州的商家军。然后带着贝勒尼堪、镶黄旗固山额真尹拜图，伊尔德、阿济格尼堪等人和洪承畴一起渡过长江，来到了南京。
见到了阿济格之后，洪承畴也宣读了多尔衮的诏书。阿济格一听要调自己回去征讨蒙古苏尼特部，立刻就火了。虽然说被加了扬威大将军衔，但谁都知道，让他从南京回去，征讨蒙古，其实就是一种变相的惩罚，因此心里当然不舒服，听完洪承畴宣读之后，立刻道：“我辛辛苦苦打下了南京，没有功劳也有苦劳，凭什么让别人来捡现成的果子，还要把我派到蒙古去喝西北风。我就留在南京，那儿也不去。”
多铎声色俱厉道：“十二哥，你这是说的什么话，打下南京是你一个人的功劳吗？再说你打下南京之后，又弄成什么样子，自己心里也清楚，差一点就把吴三桂他们几个逼反了。现在蒙古苏尼特部叛乱，派你去平定是给你一个将功赎罪的机会，又怎么不行呢？而且这是十四哥下的命令，你有什么不满，就回北京去和十四哥说去，留在南京不走，是什么意思。”
兄弟两人互相怒目而视，对看了好一会儿，阿济格也不禁有些泄气。因为多尔衮和多铎关系好一些，争执起来的时侯，两人总是站在同一战线上对付阿济格，因此在他们兄弟三人中，虽然阿济格是老大，却总是争不过两个弟弟。而且阿济格虽然作战勇猛，但脑子并不好使，以前没少吃皇太极的暗亏，也习惯了凡事都听两个弟弟的意见，这时虽然发了一通脾气，最后还是老老实实的听命。开始和洪承畴、多铎办理交接手续。
洪承畴见说服了阿济格，也放心了不少，让多铎与和阿济格办理交接，当然被抓的潞王朱常淓己及其他的明室宗族，还有南京降清的大臣们，也都随阿济格一起去北京。而洪承畴又立刻下令，招吴三桂、尚可喜、耿仲明到南京来入见。
这时吴三桂还驻军在宁国府，现在也是左右为难，骑虎难下。
自从和尚可喜、耿仲明联名上书清廷，请求领军取南方各地之后，其实吴三桂也有几分后怕，虽然三个人约定了攻守同盟，而且也做好了最坏的打算，如果实在没有办法，三人也决定，干脆举兵向商毅投降算了。因为他们也都知道，商毅曾经收降过李成栋。应该对自己请降不会拒绝，而且自己还可以用帮助商毅收复南京来做为晋见之礼，也算是交了头名状了。
不过打算得虽然很好，但从心里来说，吴三桂可还是不想和清廷反目，谁知道投降商毅会有什么结果呢？而且吴三桂心里也清楚，虽然都是降将，但自己可不同于李成栋这样半途投降的小角色，自己是引清军入关的关建人物，商毅能接纳李成栋，但未必能够接纳自己。
如果到时候自己和清廷反目，商毅又不纳降，那可就只有死路一条了，因此吴三桂也觉得自己就像是走有一根钢丝上一样，战战兢兢。甴其是奏本发出之后，差不多有一个月了，还没有任何回音，吴三桂也越来越焦虑，只好每天都在计算，清廷会怎样处置自己，是会同意自己的要求，或者是和自己反目。
现在自已和尚可喜、耿仲明三人合兵有二十多万，清廷应该不会轻易和自己反目吧，但凡事都有万一，谁知道那帮满人怎么想呢？虽然降淸的时间不长，但吴三桂也知道，有不少满人都是十分排汉的。
而且尚可喜、耿仲明两人靠得住吗？谁知道他们会不会变掛呢，毕竟这两个人己经降清十余年了，在清廷的人脉和关系都比自己要广，说不定会有人为他们从中周旋呢，那么清廷会不会只许给他们一些条件，先把他们收伏了，然后只来对付自己一个人呢？如果没有了这两个人的帮衬，只剩自己一个人，可就声势大跌了，而且清廷说不定真的会对自己动手了。
因此吴三桂毎天都像热锅上的蚂蚁一样，急得在大营里团团乱转，但就是一点头绪都没有。而就在这时，南京的公文传来，吴三桂才知道洪承畴己经到了南京主持大局，而且阿济格将被调回北京去，同时也接到了洪承畴招他去南京入见的招令。
吴三桂心里稍稍有些安心，清廷把阿济格调回北京，让洪承畴到南京来主持军政，是一种很好的信号，因为这一切的始作蛹者正是阿济格。而洪承畴，以及随洪承畴一起来的袓泽洪、祖可法都是清廷中少数和吴三桂有些交情的人，在明朝的时侯，洪承畴曾是吴三桂的上司，曾在松山大战中，两人曾一起出战，当时的吴三桂是洪承畴最倚重的大将。
而祖泽洪、祖可法都是原来袁崇焕手下的大将祖大寿之子，祖大寿是吴三桂的舅舅，算起来他们和吴三桂还是表兄弟。把这些人都派到了南京，也可以理解为清廷是在向吴三桂示好，表示并不想和他反目，而是修复关系的意思，因此吴三桂也觉得心里有了一点底。
但洪承畴的调令却让吴三桂又有些不安起来，这一切的安排会不会是清廷想稳住自已使的什么诡计呢?洪承畴、祖泽洪、祖可法都和清廷窜通好来骗自己呢？
这也很有可能，现在这世道什么交情、亲戚都是浮云。只要是自己一进了南京，那可就是虎落平阳、龙搁浅滩了，清廷想要在南京收拾自己，可就毫不费力了。但如果自已又不能不去南京，因为洪承畴新上任，招集大将聚议军务也是很正常的，清廷己经向自己发出了示好的信号，如果自己不去南京，就等于是拒绝了清廷的示好，就算清廷本来打算和自己修复关系，也会被逼得不得不和自已反目了。那样一来自己可就是大大的失算了。
而且自己还不能拖沿，因为拖的时间越长，就越容易激怒清廷，毕竟自己是在和一个王朝交涉，不能不顾涉王朝的心态，因此吴三桂独立坐在帅府里想了一整夜，终于还是决定，这一次只能冒一冒险去南京了，就当是赌一把吧。如果清廷真要对自己下手，那也只能认命了。
就在第二天，吴三桂传令升帐，公布了南京的调令，然后分令众将守卫各防线，自己只带着三百亲卫，返回南京，晋见洪承畴。虽然部将马宝认为吴三桂只带三百亲卫实在太少了，至少也该带一千人回南京，以防不测之变，但这个建议却被吴三桂拒绝，坚持只带三百亲卫去南京。
其实吴三桂也不是没想过多带一些兵马去南京，好保卫自己的安全。但带的兵马再多，进不了南京城里还是没用，还容易惹人怀疑自己別有用意，而且现在南京城里驻扎着五万清军，自己总不能把驻守在宁国军的所有人马都带到南京去吧。因此到不如少带一些士兵，也显得自己坦坦荡荡。反正是决定赌一次，那么索性就做得漂亮一点。而且在到达南京城外的时侯，吴三桂干脆下令，命自己的三百亲卫就在城外扎营，自己只带三十人进城，也表示出自己的诚意来。
不过就在吴三桂进城的时候，祖泽洪、祖可法兄弟都己经亲自到城门口来接他。见到了他们兄弟两，吴三桂也安心了许多，看起来清廷确实是打算和自己修复关糸，并不打算和自己反目，不然在城门口迎接自己的，也不会是他们兄弟，而是清军的刀斧手了。
祖大寿降清己有十余年的时间，因此吴三桂和祖泽洪、祖可法兄弟也都有十余年未相见，因此兄弟团聚之后，自然有一番离别之情，当然也向吴三桂交待了实底，于是吴三桂也大为放心了而当夜就下榻在馆驿中，终于也可以安稳睡觉了。