在准备对南方进行战争的同时，首先还是要解决台湾问题，毕竟台湾的事情也不能老拖着，另外台湾和褔建，广东隔海相望，一但对南方作战，可以从台湾出击，通过海路直接进攻福建，广东。
因此商毅的计划是首先解决台湾的荷兰人，然后水陆两路，一起出击，以重拳打击福建、广东、广西等地的南明朝廷。而且虽然这时己经进入了十二月，是隆冬季节，但台湾、福建、两广都属于热带地区，并不是十分寒冷，正是对南方用兵的大好季节。
这时南京军区的部队和海军部的各支分舰队也都己经回来，南京军区的第七军也己经赶赴湖南境内作战，统战部又下令，派遣南京军区第十七军的辖二十五师、三十三旅赴台湾作战，而护送十七军的，是海军部的第四分舰队。
第四分舰队的司令官正是台湾省长沈寿崇的另一个弟弟，沈寿岳。其实这时台湾有第三分舰队驻守，不过商毅也但心荷兰的巴达维亚当局会派遣舰队来支援台湾，因此再给台湾曾加一个舰队的海军兵力。
第十七军在十二月十二日从南京出发，到达杭州上船，行向台湾。在十二日十八日，舰队到达台湾。
荷兰人修筑的赤嵌城和热兰遮城都是临海而建，大体位于另一时空里的台南市附近，这里海岸曲折，在两城之间有一个内港，叫做台江港。赤嵌城位于台江港的东侧，热兰遮城于台江港的西侧，两城互为犄角，以台江为东面出海港口，北面以鹿耳门屿为屏，南面以七鲲鯓为障，并且在台江两侧修筑炮台，横锁海面，确实易守而难攻。
从外海进入台江有南北两条航路：南航道在北线尾与一鲲鯓之间；北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间。南航道口宽水深，船容易驶入，但港口有敌舰防守，陆上有重炮瞰制，必须经过战斗才能通过。北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。在另一时空里，郑成功是借助海水涨潮，才从鹿耳门屿航道偷渡得手，登上台湾岛。
但现在中华军己经基占领了台湾全境，荷兰人只能全线退守到两城里，而台江港己被先期返回台湾参战的第三分舰占领，击败了荷兰海军，切断了荷兰人的海口通道，沿海的炮台也己全被中华军占领，因此第四分舰队也可以大摇大摆的从南航道直接驶入台江登陆。
沈寿崇和沈寿峣早己经得到了通报，因此也赶到港口来迎接中华军。
十七军的军长叫张立东，是特种兵出身，下船之后，和沈寿崇、沈寿峣等几个人客气了一番之后，立刻就开始谈论现在台湾的形式，巴达维亚方面足否真的援助台湾了。
不过这时台湾的局势也发生了一些变化，因为荷兰的巴达维亚当局确实给台湾派来了一部份援军。
在几个月以前，中原大战激战正酣的时候，荷兰的巴达维亚当局己经从撤离的中国商馆人员那里得知，中国决定与荷兰彻底决裂，终断了两国贸易，同时还要求荷兰撤离台湾。
结果在懂事会里又引发了一番争吵，当初反对支助清廷的董事们纷份指责那些投了赞同票的董事，把局面弄坏了，现在失去了中国这个巨大的贸易伙伴，将使公司的利益受损，他们应该为此付全责，而赞同这一决议的董事则大叫着要用武力教训一下中国，建议巴达维亚的荷兰军队组成远征军，进攻中国，重新打开和中国的贸易犬门。
正好这时帮助曰本的三艘荷兰战舰也回到了巴达维亚，海军司令官范德萨向荷兰东印度公司提交了一份中华军海军战斗力的报告，在这份报告中，范德萨详细的记录了这次战斗中，中华军的海军战舰的数量、吨位和火炮数量，认为以目前巴达维亚的实力，根本不可能是中华军海军的对手，建议立刻向国內救援，荷兰国内至少要派出一支五十艘战船，一万名士兵组成的远征军，才有可能与中华军对抗。
范德萨报告的提出，在董事会里又引发新一轮的争吵，出战的声音也小了许多，除了少数几个顽固份子以外，有不少董事们也担心，如果派出舰队被中华军击败，那这个责任谁来承担；但董事会同样也承受不了丢掉台湾的责任，总之现在是两头都不讨好。
经过了好几轮的争吵和讨论之后，董事会最终讨论出了一个拆中的方案，还是向台湾增派驻军，但只增援陆军，不派海军，舰队只付责将陆军送到台湾之后，立刻返回，不得与中华军的海军交战。并且要求陆军一定要守住台湾，等待援助。
这样一来反正援兵也派了，舰队也不会打败仗，董事会也就不会有责任。如果最终还守不住台湾，那就是台湾大员的责任了。同时董事会也决定派人赶回荷兰国內救援，并且声明，如果没有足够的援军，东印度公司将很难保障荷兰在亚州的利益。
这次给台湾派出的援军是八百五十人，还是由范德萨付责运送。因为今年本来是荷兰台湾大员的换任年，荷兰东印度公司选任的第十任台湾大员长官费尔勃格己经到达了巴达维亚，因此援军的指挥官就甴他来担任，而将要御任的第九任台湾大员长官欧沃德仍然留在台湾，帮助费尔勃格渡过眼前的难关。
就这样，责任推干净了，替罪羊也选好了，董事们也就可以高枕无忧了。只可怜还没有上任的费尔勃格，这时也只能硬着头皮，带领着军队赶去台湾。
驻守台湾的第三分舰队到琉球群岛击败日本海军之后，又在琉球群岛驻守了一段时间，才返回台湾。因此这时台湾的中华军虽然包围了赤嵌城和热兰遮城，但只能阻隔两城的陆路，无法切断两城的出海口和海路联系，而荷兰舰队也乘着这个空子，在台江港登陆，将费尔勃格和荷兰军队留在台湾，然后立刻扬帆转舵，驶离了台湾，连一夜都没有留。
就在荷兰舰队刚刚离开，第三分舰队就回到了台湾，立刻赶到台南来参战，双方就是前后脚的功夫，如果荷兰舰队晚走一天，结果还真不好说。
第三分舰队一到台南，立刻就向台江湾里驻守台湾的荷兰舰队发动进攻，这时荷兰在台湾只有四艘主力战舰，分别是赫克托号、斯?格拉弗兰号、白鹭号、玛利亚号，前两艘为六百吨级，后两艘为三百吨级。其实都是商船。
在此同时，沈寿崇、沈寿峣也率军出击，从岸上攻击荷兰的炮台。而荷兰人刚刚得到援军，也出城迎战，费尔勃格下令上尉贝德尔和阿尔多普，各领四百士兵，分从两路迎战中华军。双方在海陆两路，均展开激战。
但无论是海路还是陆路，双方的兵力相差都十分悬殊。
在海路区区四艘荷兰战船迎战第三分舰队的十五战船，而且其中还包括一艘二级战列舰，五艘三级巡洋舰，结果战斗只用了半个多小时就结束了。
四艘荷兰战船中，赫克托号在战斗一开始就遭到了中华军三艘巡洋舰的围攻，连中数十炮，被打得遍体鳞伤，只用了十几分钟就被击沉；而玛利亚号连中了一百多发火箭，转眼就被熊熊烈火吞灭了。其余二艘见势不妙，都想逃跑，但斯?格拉弗兰号被五艘中华军的战船追击，迫近，靠陇，伏波军的士兵跳上敌船，和荷兰人展开了接舷战，最终斯?格拉弗兰号被中华军俘虏；而白鹭号见打不过，也逃不掉，只好扯起白旗投降。荷兰海军就这样全军覆沒，而海军司令官范德兰也在战斗中身亡。
而在陆上的战斗也同样是一边倒，两路荷兰军队都遭到了两三部于自己的中华军攻击。因为双方都是使用的燧发枪，射程也都差不多，因此也都釆用横列线形战术，进行互相对射。
但中华军在人数上占优，而且火帽打火的成功率也要高于荷兰兵使用的火枪，结果在互相对射了十几轮之后，荷兰军终于坚持不住，败退下去。中华军乘胜追击，将荷兰军杀得大败，伤亡二百多名士兵，上尉贝德尔也死于混战之中。另一位上尉阿尔多普带领着残兵，败回了热兰遮城。而中华军乘势占领了城外的炮台。
新旧两位台湾大员长官费尔勃格、欧沃德也只好下令，全力守卫两城，等待援军。这时荷兰在台湾共有兵力一千四百多人，另外还有五百多土著兵，而荷兰士兵的家属等也有一千多人，土著家属有一千五百多人，费尔勃格命令将所有士兵和土著的家属都迁移到热兰遮城里居住，又命上尉瓦连京带领四百荷兰士兵，二百土著守卫赤嵌城，其余士兵守卫热兰遮城。
驻守台湾的中华军早就开始围攻这两座城堡，但由于缺少重型火炮，因为围困两城达一个半月，但都无法攻破。第三分舰队回来之后，本打算从船上撤一些舰炮下来攻城，但就在这时，十七军和第四分舰队也己经到达了台湾。