说实话，王一对中亚地区的历史并不了解，只知道从西汉到西晋在那边都有领土，后来又逐步失去，到唐的时候再次收回，然后又失去，中间几次易主，一直到大清才又回归。为了了解其中的详细情况，王一专门请来了这方面的专家，询问一番后，才算有了一个大致的概念。
就在王一穿越前后那十几年时间，新疆出了一次阿古柏之乱，后来左宗棠前去平定新疆，虽然最后算是取得了成功。不过也因为俄国的介入，致使大清失去了伊利以西的大片领土。在后世的时候，兔子拿回来了帕米尔高原的一小块领土，只是与失去的相比，还是回来得太少了一些。
说起阿古柏之乱，就不能不提乾隆年间的大小和卓之乱，这是清朝统一战争中的最后一仗。
和卓原本是对伊斯兰教先知穆罕穆德后裔们的称呼，意思就是圣裔，与阿拉伯语中的赛义德是一个意思，后来专指德高望重的人。而在喀什噶尔，也就是唐初安西四镇之一的疏勒，后世的新疆喀什，和卓指的就是新疆回部白山派的喀什噶尔和卓家族。
大小和卓是兄弟两人，虽然叫做喀什噶尔和卓家族其实他们算不上土生土长的新疆人。他们的祖先是中亚纳格什班迪教派的领袖玛赫杜米*阿札木，本名艾哈迈德*卡萨尼。玛赫杜米*阿札木是其尊称，意为“伟大导师”。至于再向前追溯祖先是谁，就众说纷纭了。玛赫杜米*阿札木的子孙后来分成了敌对的两支——黑山派和白山派。明代中期，黑山派和卓得到叶尔羌汗国王室的支持，成为西域天山南路的穆斯林宗教领袖。明末清初，白山派领袖玛木特*玉素布从中亚来到喀什噶尔（今喀什市）传教，后来被叶尔羌汗和黑山派驱逐。其子伊达雅图勒拉先到甘肃，后来辗转来到了西藏，寻求达*赖喇嘛和蒙古准噶尔部的支持。
说起来他也成了带路*党，把准噶尔汗噶尔丹引领到了叶尔羌汗国，最终推翻了原本汗王伊思玛业勒的统治。扶植了一个傀儡政权。而伊达雅图勒拉自己则驱逐了叶尔羌的黑山派首领，开始号称“阿帕克和卓”。而喀什噶尔和卓家族，也就是阿帕克和卓家族开始正式登上历史舞台。
随着阿帕克和卓家族的日渐崛起，伊达雅图勒拉与叶尔羌汗国的统治者产生了矛盾，后来两方大大出手。大概在1692年，阿帕克和卓战胜了叶尔羌汗马哈麻特*额敏，控制了喀什噶尔、叶尔羌等地。两年后阿帕克和卓去世，权利开始出现真空，喀什噶尔一带陷入叶尔羌汗、白山派、吉利吉思（布鲁特）和各地伯克的混战之中。
当策妄阿拉布坦继任准噶尔汗后，天山南路被置于他的直接统治之下，黑山、白山两派的和卓后裔谁都没落下好，全都被迁至伊犁（今伊犁州霍城县）一带囚禁。到了噶尔丹策零在位时，又任用黑山派和卓达涅尔管理叶尔羌、喀什噶尔等地事务。此时，阿帕克和卓之孙玛罕木特已在囚禁中死去，其二子波罗尼都和霍集占，被囚禁于伊犁东北的额林哈毕尔噶，由当地准噶尔宰桑阿巴噶斯、哈丹兄弟看管，而这被囚禁的二兄弟就是大小和卓。
1755年，当乾隆平定准噶尔叛乱的时候，波罗尼都和弟弟霍集占领着三十多人投靠清军。伊犁平定后，清朝命令他们返回南疆，招抚旧部，统领维吾尔民众，主管伊斯兰教务。
不过其后就发生了阿睦尔撒纳之乱，这人原本是清军平定准噶尔时的定边左副将军，在平定完叛乱之后，清军主力回撤。而阿睦尔撒纳因为觊觎准噶尔汗国汗位，于是在赴热河的过程中叛逃，后来与一帮人攻占了伊利，只是很快就被平定。走投无路的他只得向西逃往哈萨克汗国，也就是我们说的哈萨克斯坦，不过因为与那里的汗王闹翻，又被迫跑到了俄罗斯，结果没多久就死于出痘。
只是他这一闹不要紧，大小和卓兄弟中的小和卓霍集占开始动起了自立为王的心思，而大和卓波罗尼都比较安分守己，不过后来被自己的兄弟牵连，也不得不走上了反清造反的道路。
因为这个地方从阿帕克和卓家族来了之后，一直战乱不断，人心扭曲，墙头草都成了习惯。因此当清朝大军陆续开到，虽然经历了一些波折，但是大小和卓的实力毕竟还比不得此时的大清，所以叛乱没有持续多久，就被消灭了。而大小和卓一看大势已去，于是携家带口，在搜刮一些财物后，开始会和西逃
他们选择的目的地有两个，一个是浩罕汗国，一个是巴达克山。前者是中亚强国，不过去信之后，对方没有回应。而后者位于后世阿富汗境内，最后成了唯一的选择。而大小和卓只是在这里中转，休整后前往痕都斯坦（克什米尔南部和巴基斯坦北部）。此时大清实力还很强大，传檄于中亚诸汗国，通缉二人。巴达克山地区的部落也不敢招惹天朝，后来为了不给自己惹麻烦，把他们杀了。
因为此二人毕竟是伊斯兰教先知的后代，所以部落里的阿訇反对将二人的尸体献出，甚至威胁部落族长要去麦加圣地告状，不过这也改变不了大清一绝后患的决心。
小和卓霍集占没有儿子，而大和卓波罗尼都的儿子被接回了大清，不过清廷没有为难他们，送回北京，编入正白旗。
问题是波罗尼都还有一个儿子，名叫萨木萨克，本来准备也是如这么办，但是后来发现这人被调包，萨木萨克本人受到惊吓，逃到了珲都斯（后世阿富汗的昆都士）。后来被浩罕汗国控制，清廷虽然几次规劝其回国，但是都没成功。
英国人曾经策划帮他复国，不过萨木萨克在1820年死了，其子张格尔接过了他的未竟事业，在浩罕汗国的帮助下，又闹了一出张格尔之乱，只是同样以失败告终，张格尔成了俘虏。
而我们前文说到的阿古柏，此人就是浩罕汗国派出来到反清分子，目的是要扶持张格尔之子布素鲁克，谋夺新疆。没想到偷鸡不成蚀把米，布哈拉汗国趁此机会却把浩罕汗国给灭了。