卢俊义改革官僚体制的各项有力措施之所以在最后能够得到官僚阶层的妥协和部分认可，一方面要感谢卢俊义自身的努力，他从一开始就将所有的实际权力都掌握在手中，交给以政务院及其下属各级政府为主的官僚阶层掌握到的只不是一些办事权力，元首府治下的军务院、廉政总署（跟其他机构称呼配合所改）、情报总署、宗教事务总署（神化宣传）、党派事务总署（舆论宣传）、审计总署、最高法院、最高检察院、最高议政院、最高议法院都牢牢地掌握在卢俊义手中，军权、立法权、执法权、情报权、舆论、监督权都掌握在卢俊义手中，那些官僚阶层自然不敢轻举妄动。
另外一方面还要感谢三位造反盟友的配合，尤其是方腊，此公贫民出身，仇恨贪官污吏，起事以后“凡得官吏，必断脔支体，探其肺肠，或熬以膏油，丛镝乱射，备尽楚毒，以偿怨心。”卢俊义便大肆宣传方腊义军的壮举，震慑治下官僚，还派人将方腊攻陷城池处死官吏的惨状画起来张贴在每个州县城墙上。卢俊义做了一封告齐国上下官吏书，书中告诫道：“本公也可以效仿赵宋朝廷对汝等袒护纵容，亦可不去惩戒贪腐官吏，但任由汝等变本加厉奴役迫害那如草芥般的贫民，民不畏死何以死惧之，如有一日第二个方腊在齐国出现，到时汝等官吏下场可见。贪腐亡国亡己，切莫误人自误，不与草民争利，则天下太平。”
由于宋朝一向攘外必先安内，镇压国内造反不遗余力，跟隋炀帝时期是反着来，所以本来有机会造就出十八路反王的，官害民最深刻的腐弱赵宋王朝，曾出现数百次农民起义，但都没有坚持很久。但是，那些愚蠢无聊、自以为是的宋史砖家叫兽们啊，不要为官僚权贵的天堂、贫民百姓的地狱招魂了，还恬不知耻地说宋朝是“中国历史上仅有的两个没有爆发过全国性的农民起义的大型王朝之一，仅有的几次较大规模的起义，如李顺王小波起义，宋江起义，方腊起义，钟相杨幺起义等都不曾超过一省的范围”，拜托，没有爆发过全国性农民起义，不是因为是什么狗屁盛世大宋，而是因为弱宋“强干弱枝”、“守内虚外”、“攘外必先安内”的国策，将大部分军队都放在境内防止农民起义，那自然是没有全国性农民起义了。
政和年间，农民茶叶卖不出去，卖了还不够交税。农民只好不采茶，采了的也忍痛倒在溪里。时值浙西大旱，七八月都不见有雨，禾苗焦黄，秋收无望，而官吏却逼税。与此同时，赵佶喜花石竹木，在江南设“苏杭应奉局”，派朱勔等爪牙到东南各地搜刮民间花石竹木和奇珍异宝，用大船运向汴京，每十船组成一纲，时称“花石纲”。青溪多产竹木漆，是应奉局重点酷取之地。沉重的负担都转嫁到农民身上，尤其是靠出卖劳动力度日的赤贫者身上。方腊身为佣工更痛感这种剥削压迫之苦，因而对宋王朝的统治怀有刻骨仇恨，遂起反抗之心。
政和三年(1113)十月，方腊在万年乡洞源里正方有常家做佣工，积极联络四方百姓，准备起义。他们的秘密活动被方有常发觉，便派二子方熊向县告发。十月初九，方腊发现事泄，遂在洞源村杀里正方有常一家而举义。方腊集合千余人，在洞源村东方有常家的漆园誓师。在誓师会上，方腊慷慨陈词，悲愤交集地控诉：“今赋役繁重，官吏侵渔，农桑不足以供应。吾侪所赖为命者漆楮竹木耳，又悉科取，无锱铢遗。”“且声色、狗马、土木、祷祠、甲兵、花石靡费之外，岁赂西、北二虏银绢以百万计，皆吾东南赤子膏血也！”“独吾民终岁勤动，妻子冻馁，求一日饱食不可得，诸君以为何如？”他估计当时形势，指出：“东南之民，苦于剥削久矣，近岁花石之扰，尤所弗堪。诸君若能仗义而起，四方必闻风响应，旬日之间，万众可集。”“我但划江而守，轻徭薄赋”，“十年之间，终当混一矣！”
方腊提出鲜明的政治口号和政治主张，付之于起义实践。他领导的义军烧孔庙，毁神像，杀贪官污吏。批判佛教教义中“是法平等，无有高下”的虚伪性，指出“是法平等无，有高下”，主张实现真正的平等；“劫取大家财，散以募众”；“有甚贫者，众率财以助……凡出入经过，虽不识，党人皆馆谷焉，人物用之无间，谓为一家。”
方腊的政治主张和起义行动，深受贫苦百姓的拥护，数日间聚众十万。自号圣公，改元永乐，置偏裨将，以巾饰为别，自红巾而上，凡六等。镇压帮源一带地主武装的反抗，占领青溪县西北重镇——万年镇，随即向县城进发。这时，两浙路都监蔡遵、颜坦带领五千兵前来征讨。十一月二十八日，方腊将他们一举歼灭在息坑。这是方腊义军旗开得胜的第一仗。次日，方腊打下青溪县城。十二月打出青溪县，四日攻占第一座州城——睦州。随后攻下睦州各县。青溪县，俘获县尉翁开。十二月初，攻克睦州，占据寿昌、分水、桐庐、遂安等县。
不久，向西攻下歙州，全歼宋东南郭师中部，东进攻克富阳、新城，直趋杭州，以“杀朱勔”相号召。杭州是两浙路的首府，又是造作局所在地，花石纲指挥中心之一，聚集着大批官吏和富商、地主。十二月二十九日，起义军攻入杭州，杀死两浙路制置使陈建、廉访使赵约，知州赵霆逃走。积怨已久的群众，在杭州捕捉官吏，发掘蔡京父祖父坟墓，暴露其骸骨。各地百姓纷纷揭竿而起，响应方腊起义：浙北有苏州石生和湖州陆行儿，浙东有剡县裘日新，浙南有仙居吕师囊、永嘉俞道安，浙西有婺州东阳霍成富，兰溪灵山朱言、吴邦。这时在浙西的方腊部将郑魔王、洪载和响应部队已占领了婺州、衢州、处州等地。各地农民望见义军的旗帜，听见鼓声，就跑来迎接，参加义军的更是“项背相望”。
方腊在杭州作出了分兵“尽下东南郡县”的决策，派方七佛率领二十五万人马进攻秀州，以图北上，攻取金陵，实现“画江而守”的计划。方七佛一举攻下崇德县，进围杭州东北的秀州，并分兵进入湖州境内。同时方腊率领主力南征，相继攻下婺、衢两州。义军王寅部北上攻克宣州，进围广德军。二年后，义军先后攻下十州七十多县，包括浙江省全境和安徽、江苏南部、江西东北部的广大地区。
高俅率领四十万禁军南下进剿方腊义军，一路上纵兵烧杀抢掠无恶不作，有时不管信不信摩尼教都一律杀一律烧。那些听闻或目睹官军恶行的江南百姓，不管信不信摩尼教，都纷纷加入了方腊的义军。加上卢俊义派往高俅军中的卧底特工发给方腊军有关高俅的军事情报，使得方腊军屡次抢得先机，将高俅打得落花流水，节节败退，而方腊军愈发壮大，几乎将赵宋的东南赋税之地全部占领，切断了宋王朝的经济命脉。
赵宋朝廷惊恐万状之下，只好跟西夏媾和，结束西夏之战，将最精锐的童贯西北军调往江南，进剿方腊义军。童贯任江、淮、荆、浙等路宣抚使，矫诏撤销苏、杭造作局和停运花石纲，罢黜朱氏父子兄弟的官职，釜底抽薪地松懈了义军的斗志。而方腊的摩尼教毕竟是舶来品，又没有佛教那般为了传教无所不用其极甚至不惜将观世音变性的魄力，以至于始终融入不去宋境中，开始发展这么快纯粹是因为赵宋朝廷压迫太过，草民们都要找到一个领头人来造反，一旦朝廷减免苛政，这些依附于摩尼教的大量贫民不愿附逆，便都逃走归家。
政和五年正月，童贯大军攻占江宁府，继而攻下了润州，进逼湖州、常州等地。因有卢俊义的情报支持，方腊军跟强大百战之师童贯军对阵时也能偶取胜战，但因为方腊之前对待官僚地主太过残忍，动辄点天灯挖膛摘心，结果他统治下的江南腹地内有许多地主和官僚余孽死灰复然，跟官军遥相呼应，将方腊军的优势一点点给消除掉。
政和七年，秀州被童贯军攻破，方七佛战死。义军秀州之战失利，杭州失去屏障。宣和二年元月，宋军包围杭州，方腊义军经过数月苦战，因粮尽援绝，被迫退出杭州。杭州失守，方腊义军形势急转直下，大多数义军将士都丧失了当初对摩尼教的信仰，于是兵败如山倒。
宣和二年四月，方腊退出杭州，由富阳、新城、桐庐、建德、青溪，时战时退，最后退守帮源。六月二十四日，宋军从东西两面包围帮源，方腊在帮源的严家溪滩，与宋军作一死战。在战斗中，方腊坐骑战死，战刀丢失，最后不得不带亲信，退往洞源村东北的石洞中躲藏。石洞分上中下三窟，极为隐蔽，官军无法寻找，统制官王禀下令搜山。裨将韩世忠由方庚作向导，收买叛徒方京，才寻得方腊躲藏的石洞。六月二十七日，经过一番殊死搏斗，方腊和妻邵氏、子方亳、宰相方肥、等一百多人被俘。宿将辛兴宗随后赶到，将韩世忠功劳窃为己有。方腊及其妻邵氏、子方亳（二太子）、丞相方肥等三十多人力竭被俘，解往汴京，八月二十四日全部被赵佶凌迟处死。(未完待续，如欲知后事如何，请登陆www.qidian.com，章节更多，支持作者，支持正版阅读！)（未完待续）