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就在李舜臣大声咒骂崔元昊的时候，有位裨将前来报告：倭寇的战船都纷纷掉转船头，开始逃跑。李舜臣顾不上再咒骂自己那位冲动的副将，赶紧向全军下达了追击的命令。三十多艘龟船一面张帆疾进，一面发炮攻击，平户岛附近海域炮声隆隆，声震天地。从平户岛到肥前不到百里的距离，竟成了三百多名岛津氏水军人生的最后航程，与他们一起葬身海底的，还有十多艘战船，其中不乏令岛津氏引以为傲的铁甲船。
李舜臣率领着那三十多艘几乎毫发无损的龟船一路追击到了岛津氏水军设在肥前的基地，这个时候，崔元昊也率领着主力船队赶到了。两军合兵一处，朝着躲进港湾之中的岛津氏水军战船猛烈发炮轰击。岛津氏水军战船之上也安装有火炮，而且不止一门，可是，那些火炮无论射程还是威力，都无法与朝鲜水军龟船上所安装的明军制式舰炮相提并论，眼看着就要全军覆灭。
幸好，岛津义久为了防备中朝联军从海上发起攻击，在港口安放了许多巨大的床弩。这种床弩需要三人一同操作，其中一人安放弩箭；两人半躺在地上，脚蹬机弦，能把一丈多长的弩箭射出上千步远。虽然射程很远，但是射速很慢，岛津义久也没真把它当回事儿，只不过是听那些海盗们说明军的火炮实在是大大地厉害，而他又拿不出什么像样的远程攻击武器，只能病急乱投医，逢庙就烧香，把这种原本应该劈碎当柴烧的床弩又搬了出来。
可是，谁也没有想到，在对付朝鲜水军那些连铁甲船都束手无策的龟船的时候，这种老式的床弩竟然发挥出了意想不到的作用——那足有一丈长的弩箭上面的铁制箭头有半尺多长，借助机弦之力飞驰而来，恰恰能够射穿龟船的铁壳，有好几名朝鲜水军士兵猝不及防，还被当场射杀。李舜臣既舍不得拿自己亲自监制、亲自训练出的龟船船队冒险；又料定岛津氏水军经此一战，大概再也不敢逞凶海域，就下令全军撤围，扬帆东去。岛津氏水军残存的几十条战船这才逃脱了葬身海底的悲惨命运……
平户岛海域一战歼灭了岛津氏水军的主力，不但消灭了中朝联军后勤补给线上的一大劲敌，使得日后转运兵员和军需粮秣的风险大大降低；并且通过实战检验了龟船的战斗力，朝鲜水师提督李舜臣确信，自己的水军在这片海域已无对手，便放心大胆地仍将麾下船队分为两部分，一部分按原定计划，护送粮船和运兵船去往萨摩；另一部分巡弋于朝鲜至日本之间的广袤海域，监视岛津氏水军动向，并寻机与毛利氏水军决战。这一次，李舜臣架不住副将崔元昊的一再恳求，也不想让人误会他这位主将贪功，就答应崔元昊和他轮班巡防，这一次率船队巡弋的重任，就交给了崔元昊。
朝鲜水军官兵之中，原本还有不少人对主将李舜臣还心怀不满，认为他不过是不知道什么原因而得到了天朝圣君的垂青，“好风凭借力，送我上青天”，才得以骤然被擢升为水军提督；甚至，李舜臣的副将崔元昊心中也隐隐有这样的想法，只是碍于军中律法，不敢抗命不遵而已。此次大胜萨摩岛津氏水军，使此前长达一百多年的时间里一直备受倭寇欺凌的朝鲜水军士气大振，信心倍增，众将士都对李舜臣的指挥才能大为佩服，更被他身先士卒、勇往直前的英雄气概所折服，对李舜臣奉若神明，甘愿追随他征战四方，一雪百年积弱、饱受倭寇欺**虐之耻。
更重要的是，此次朝鲜水军开赴萨摩，不但要给大明禁军第一军运送军需粮秣，还护送载有三千朝鲜步军的十艘运兵船一同去往萨摩。那些运兵船就编在崔元昊所率领的船队主力之中。这三千名朝鲜步军是从先前接受了明朝军事顾问团整训的五万朝鲜军中遴选出来的精锐健卒，按照原定计划，他们将要接替大明禁军第一军承担萨摩的防务，以便于中朝联军的主力可以腾出手来向倭国的腹心之地进发。不过，他们虽说号称精锐，但朝鲜官兵原本都对凶神恶煞、战力强悍的倭寇心存畏惧；又因国家承平日久，民不知兵，兵不习战，从军纯粹是为了混口饭吃，突然被派往倭寇的地盘上去打仗，当然更是如丧考妣，惶惶不可终日，受命之后，无不跟家人抱头痛哭诀别。更有甚者，到了临行之前，三千步军竟有五百多人私自潜逃或自伤自残，其中不乏领军将佐，令朝鲜李氏王朝上上下下大失颜面，更担心因此而触怒天朝，不得已又临时抽调了五百多人补足兵员，匆匆装船启运，还颁下密令，再有私自潜逃或自伤自残者，本人斩首，全家发配。这一次，那些步军官兵亲眼目睹了水军的弟兄们将倭寇的战船包围在狭小的港湾之中关门打狗，而原来嚣张不可一世的倭寇竟然龟缩在港口之中不敢出来应战，令他们在惊诧之余，心中也暗自生出诸如“既然水军能够打败倭寇，我们步军难道就不能……”等等之类的想法。
到了萨摩，李舜臣向中朝联军主帅俞大猷禀报了平户岛海战详情始末和自己的分兵计划，使原本隐隐有些担心本军深入敌境、恐被倭奴切断后勤补给线的俞大猷喜出望外，欣然同意了李舜臣的作战方略，只是叮嘱他且要小心，不给岛津氏残渣余孽以可乘之机。
过了数日，汪直船队也抵达萨摩。因船上有今川氏的军师雪斋禅师同行，汪直担心被他知悉太多秘密，就命粮船在永定港驻舶，自己率领其他船只继续扬帆西行归国。汪直船队不但运来了从堺港买到的上万石米粮以资军用；更带来了倭奴诸战国忙于内斗，幕府将军足利义辉被放逐，天皇也被吓得躲在深宫禁苑不敢过问天下事，也就无人号令各国联合对抗天朝大军的消息。俞大猷审时度势，向朝廷上呈了一份奏疏，建议朝廷对伐倭方略做重大调整，即鉴于倭奴近畿诸国之间的大战一触即发，中朝联军不必急于兵出伊势湾，而是继续巩固和扩大在萨摩取得的战国，静观其变，尔后再确定下一步的驭倭方略。
由于自己身为武将，对事关国之大政的驭倭方略随意置喙，只怕会被朝野内外那些迂腐守旧、向来看不起武人的清流官员、士绅们指责为“武人干政”，俞大猷在正式上呈朝廷的奏疏中，只能如前所说的那样点到为止。不过，他是嘉靖帝朱厚熜的心腹爱将，有密疏奏事之权，在直呈大内的密疏之中，自然是本着“知无不言，言无不尽”的原则，摆出了自己的理由：
其一，目前在倭国近畿对垒的两大势力，分别是纪伊三好氏和近江浅井氏、越前朝仓氏联军。其中，纪伊三好氏原本就领有四国，新近又窃据了家主幕府管领细川信元的不少领地，势力范围扩展到了近畿七国，领地超过了一百万石，还控制着富甲天下的堺港，粮饷军械充足，实力占有很大的优势；但是，他以属下、家臣之身，悍然放逐幕府将军足利义辉，逼迫家主幕府管领细川信元隐退，违背了武士道精神，想必不为大多数武士和倭人百姓所接受。反观近江浅井氏、越前朝仓氏联军，两家虽说分别领有一国，拢共不过三十万石的领地，实力不济；却因为拥立将军、匡扶正统而握有大义名分，能得到大多数武士和倭人百姓的同情和暗中支持。可以说，对阵双方各有优势，双方之间的大战势必旷日持久。等他们打得两败俱伤之际，中朝联军再兵出伊势湾，可坐收渔翁之利……
其二，固然上古圣贤有云“得道多助，失道寡助”；但是，两军对阵，终归还是要靠实力说话。纪伊三好氏兵强马壮，粮饷军械充足，如若不出意外，应该能够击败近江浅井氏、越前朝仓氏联军。一旦三好长庆窃据倭国“天下人”之高位，中朝联军就能以吊民伐罪、扶助曾臣服于天朝的幕府将军足利氏复位为由，兵出伊势湾。一则可掩朝野内外悠悠众口，为大军伐倭找到更加充分的理由；二则能使倭国幕府将军感恩戴德，日后命其约束倭奴不得再犯天朝盛威……
其三，倭奴诸国大名争霸天下的焦点在京都及近畿等地，且如今诸国纷争不休，必定无暇顾及远离京都的九州等地，中朝联军应趁此良机，继续扩大战果，不但攻占萨摩岛津氏其他领地，更要一举荡平九州，为日后兵出伊势湾解除后顾之忧；更震慑九州倭奴，使其不敢再生觊觎天朝之心……