由吕芳转呈海瑞进献皇上的一块荷叶米粑，使朱厚熜深切地感动到了眼下迫不及待需要解决的一个严重问题——粮食危机，一来时已隆冬，那些无家可归的难民们若是再吃不饱肚子，只怕要饿死人。堂堂天子脚下、京畿重地，若是饿殍遍地，朝廷颜面何在？二来京城数百万百姓，有几户人家吃得起二十两银子一石的粮食？国以民为本，民以食为天，百姓无以为食，势必怨声载道，朝廷若不赶紧想办法平抑粮价，民怨沸反之下肯定要出大乱子。大战初定，京师若再乱了起来，社稷堪忧。因此，他不得不动用户部掌握的军储，与那些粮商打了一场没有硝烟，没有流血，却一样惊心动魄的粮食之战！
这场粮食之战，朱厚熜完全模仿的是后世新中国成立之后，共产党新政权在大上海与不法投机商之间进行的那场“黄（粮食）白（棉纱）之战”，即先是提高难民的赈济口粮标准，并动员英国公张茂等公侯之家将存粮寄卖，引起粮商恐慌性抛售；继而动用朝廷储备的军粮投入粮市，造成粮市的饱和，轻而易举地将粮价砸了下来，然后再以平价收购粮商囤积的余粮，补充军需。至于由厂卫遍布京师的番子暗探放出大量诸如江南漕粮即将运抵京师等消息，则是他的即兴发挥，事实证明，此举也对此次粮食大战的全胜起到了很大的作用。
非常时期用非常手段，抄那些囤积居奇发国难财的不法粮商的家产以为国用，当然也是可以的，但这样会带来很多负面影响，一来势必严重打击中国脆弱的商品经济，不利于刚刚出现于中国的资本主义萌芽的成长；二来京师甫经大乱，百业凋敝，抄了粮商的家，其他行业的商人势必会有兔死狐悲之感，更不利于尽快安定人心，恢复生产；三来京城还有数百万居民，这些人日常生活所需还需要那些粮商来交通南北，调剂有无，若是将他们一网打尽，短时期内就必须由政府承担起粮食供应的职能，国家正值多事之秋，根本没有这样的能力——即便是实行战时经济体制，对粮食等重要民生物资实行统购统销，谁又能保证这中间不会滋生腐败？
经过再三权衡，朱厚熜还是决定只用纯经济手段，而不是简单粗暴的行政手段解决粮食危机，虽然取得了全胜，但也付出了很大的代价！
据户部测算，此次粮食大战，朝廷虽然收购粮商手中存粮二十万石，但前期投入粮市的军储却有近四十万石之多，朝廷粮储非但没有增加，反而减少了二十万石。此外，八十万难民的口粮标准由每人每日四两提高到八两，朝廷每日支出将增加一千二百石，以半年为期，朝廷要多花二十万石粮食；这还不算暗中补贴给英国公张茂等人的近五万石粮食。通算下来，朝廷花了二十万两银子，还要多支出四十多万石粮食，简直是赔了大本！
这些还都是那些通晓一点经济之道的官员们的意见，绝大多数的官员根本就想不到去算这个账，在他们看来，粮商囤积居奇发国难财，本就犯下了不赦之罪，直接抄家拿人了事，何必大费周章地搞什么平抑粮价，倒让那些不法粮商赚了朝廷的银子！
面对至今还不知道江南叛乱之事的朝臣们众口一词的质疑，即便是一意逢迎君上的严嵩，搅尽脑汁也只帮皇上找出了两个理由：其一，民富则国强，民竭则国衰，藏富于国不如藏富于民；其二，人无信不群，国无信不立，朝廷不可失信于民。
这样苍白无力的理由连严嵩自己都说服不了，自然不能平息朝臣一片指责之声，多亏顺天巡抚王世恩适时向朝廷递上了万**名上呈的谢恩表，每日更有络绎不绝的难民在端门之外叩谢圣恩，哭声闻于禁中，那些官员亲耳聆听百姓颂圣之声，无不感动莫名，得失论争才稍稍平息。
嘉靖二十三年十二月初七，鞑靼终于循来路退回了塞外，戚继光带着营团军骑营回到了京师，随他们一起回来的，有大批自江南和山东、河南诸省逃回京师的官员和豪强富户。江南叛乱的消息象一个炸雷一样震动了京师——
据那些逃回来的官员奏报，江南局势已极其恶化，叛军经过前期因争夺权利而引起的内乱之后，已经稳定下来，先前最早倡乱举事的荆王朱厚纲不知所终（或许已死于内部争斗），实际执掌大权的南京守备魏国公徐弘君、操江总督诚意伯刘计成和南直隶锦衣卫指挥使信国公汤正中等勋贵按“立君以亲”的祖宗家法，推举目前朱明皇族之中亲疏伦序最为接近的宪宗第六子、建藩国于江西建昌府的益王嗣子，嘉靖的堂弟益庄王朱厚烨就任监国——因北京毕竟还有一位垂治天下已二十三年的正统皇帝，益庄王朱厚烨虽以太子之礼被迎进南京，却终归还是不敢堂而皇之地称帝改元。天地之事拗不过一个“理”字，当年的燕王朱棣起兵靖难，打下南京之后才敢登基为皇，打着维护春秋大义、祖宗成法旗号叛乱的藩王勋贵自然不能在如此重大之事上违背道统理念！
江南叛军以南京守备及被收买的湖广、浙江两省卫所军为主力，胁裹大批民众为壮丁，号称五十万大军，浩浩荡荡自南京兴师北上。叛军兵分两路，主力自凤阳、徐州向河北进发，另有一路进攻河南。山东、河南两省卫所军奉诏进京勤王，剩余为数不多的守军都是老弱疲敝之师，根本无力抵抗，致使叛军一路打到了山东衮州，兵锋直逼河北的门户——大名府。黄河以南各省，除却西南三省和两广、福建以外，均为叛军占据。
唯一值得庆幸的是，因仓促兴师，军需后援不济，加之南方兵士不耐北地严寒，叛军攻到山东时已是强弩之末，不得不停了下来。其后两路大军合兵一处，又退回徐州休整，准备来年春暖之时再大举进攻。
在加强军事进攻的同时，叛军还以监国朱厚烨的名义向朝廷上疏，抨击嘉靖失德乱政诸事，要求其逊位以谢天地祖宗、百官万民。
面对来势汹汹的叛军，听到这样大逆不道的言论，自幼受圣贤教诲，满脑子“忠君报国”之念的文武百官无不愤慨之至，恨不能将那些乱臣贼子食肉寝皮而后快。朝野上下迅速统一了“攘外必先安内”的认识，先前一切关于议和，以及平抑粮价等一切问题的指责、猜疑都随之烟消云散，官员士子纷纷上疏弹劾倡乱谋逆的藩王勋贵，恳请朝廷兴师讨伐江南逆贼；英国公张茂、成国公朱至孝等王公勋爵和俞大猷、戚继光等军中将领纷纷请缨，要率军招讨逆贼。
朱厚熜召集五军都督府、内阁及六部九司诸臣商议戡乱平叛诸事，声言欲效法宣宗平定汉王朱高煦叛乱和武宗平定宁王朱宸濠叛乱之例，亲率大军御驾亲征，以天威临之，一举荡平谋逆叛军。诸位朝臣闻言大惊，皆以北边不靖，京师未安，王驾不可轻出九重为由，俯阙痛哭，百般劝阻，朱厚熜遂收回成命，同意委派亲信大将代帝出征，诸臣咸安。
鉴于平叛先机已失，此战又关乎大明国运兴衰、社稷存亡，经朝廷重臣集议，确定了稳扎稳打、文武并举的战略方针：一方面，诏告天下，严词斥责江南藩王宗亲及勋贵大臣辜负浩荡天恩，当此社稷危倾之际，不思报效家国，反称兵构乱，图危宗社，获罪天地祖宗，义不容赦。并传檄四方，号令各省府州县牧民之官恪守臣职，督率治下军卒乡勇保境安民；各地官军百姓谨守律法，不得附逆助乱。另一方面，按照营团军成功经验，将各省卫所军打乱编制，并于难民之中招募精壮，统一组建禁军，加紧操练，待诸事准备周全之后，择吉日祭告宗庙后拜将出征。
为儆效尤，朝臣一致建议依照国朝律法，将此前已自裁谢罪的薛林义、陈以勤二位逆臣贼子首级传示九边，参与薛、陈谋逆叛乱的所有勋贵官吏及其家中成年男丁一律枭首示众，这些逆党和仇鸾家中女眷发边军女营充为营妓，未成年男丁及家中仆役发买为奴。以内阁学士严嵩领衔上奏的奏疏呈送大内，朱厚熜犹豫了许久，才提起朱笔批上了血红的两个大字——“照准”。
江南发生如此巨变，朝廷此前与鞑靼虏贼议和便是当然之举。曾经上疏弹劾严嵩力阻和议的清流官员们惴惴不安，纷纷上疏请罪。为安抚人心，稳定朝局，朱厚熜特下恩旨，嘉许众人忠勇谋国之心，并秉承太祖高皇帝“无心为过，虽过不罚”之训，宽恕了他们攻讦大臣、扰乱视听的罪责，只对个别言辞过于激烈，奏疏上还有捕风捉影的内容的言官给予罚俸数月的薄惩。那些妄言国政、围攻严嵩府邸的国子监监生们因殴打朝廷命官，触犯了国朝律法，被褫夺功名，贬为庶民；为首的监生海瑞被发往营团军充为奴兵。同时，为了安抚前段时日一直忍气吞声承担骂名的严嵩父子，朱厚熜手书“有容乃大”四字中堂一副，加盖宝印赐于严嵩。
对于那些自江南逃回的文武官员，朱厚熜也特下恩旨，不但赦免了他们失城弃职之罪，还恩准他们依原职支领俸禄如常，令其上疏自陈在江南“沦陷”之后的功过，经都察院甄别之后，由吏部择其贤能之士委任新职，充补六部九司和新组建的禁军。为防止混入江南逆党派来的奸细，每人需找三名在京官员具保。
无恩不足以服天下，无威不足以摄民心。朱厚熜明白，与江南叛乱的藩王勋贵，与因循守旧的官绅士子的较量才刚刚开始……
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