盛宴上所发生的那一段不愉快的小插曲，丝毫没有影响东海舰队全军汇合的欢乐气氛，三日之后，东海舰队按计划举行了整军大典，营团军前军与河南卫所军正式编入东海舰队，按照皇上钦定的新式军制，两军被整编为东海舰队陆战队第一师和第二师。
嘉靖二十四年五月，朝廷组建平叛军挥师南下平叛，朱厚熜便命内阁会同兵部商议制订全国军制改革方略，兹事体大，分管军务的次辅李春芳和兵部尚书曾铣等有司官员遵循圣意拿出了方略，又数易其稿之后，发九边军镇征询意见并呈报本镇改制具体方案。九边军镇遵上谕将拟改方案陆续报来，经兵部审阅之后呈送御览。各镇边帅熟知兵事，明白政令统一，如臂使指的道理，对重建指挥体系并无异议，但都认为，军、师、旅、团、营、连、排、班各级军官将佐皆称为某长，恐引起混淆，奏请朝廷仍保留原有官名称谓。就连作为明军军制改革试点的禁军各部，也还是沿袭了指挥使、统领等旧称。
对于这些因循守旧的军将，朱厚熜也没有办法让他们明白这不只是一个称谓问题，而是明军迈向正规化的第一大步，只好睁一只眼闭一只眼。不过，如今新组建的东海舰队算是重打锣鼓另开张，自然也就不能再船行旧路。为此，朱厚熜特下圣谕，着令兵部与五军都督府任命营团军前军正副统领曹闻道和林健分别为第一师正副师长，河南卫所军统领钱文义为第二师师长，其他各级军官将佐分别改任旅、团、营、连、排、班长，总算是了却了心头一个夙愿。
与此同时，东海舰队也按照新式军制，将全军整编为第一、第二、第三分舰队，并遵照上谕，自此而始，所有战船不再称“战船”，改称为“军舰”，按照职能确定名称，如战船就称为“战舰”，粮船就称为“补给舰”等等。与之相适应的是，各船管带改称“舰长”，船上各级军官将佐也按各自所司之职确定官衔称谓，如副舰长、水手长、火炮长等等。
但是，舰队提督、分舰队统领官衔称谓保持不变，这是朱厚熜再次向迂腐陈旧的传统观念做出的妥协和让步。
其实，按朱厚熜原来的想法，从舰队到分舰队，各级指挥官应该一律改称“司令”，这才是他心目中的现代化的海军。但在他钦定的新式军制中，已将明军编制定为军、师、旅、团、营、连、排、班八级建制，并明确提出，国家承平之时，军即为最高军事单位，统由兵部直管；战时可根据需要，增设兵团，下辖数军；数个兵团可合并为一个野战军或方面军，只有军级以上的兵团和方面军首长才能称为“司令”。若将一个分舰队的指挥官就称为司令，明军的官阶品秩容易引起混乱，更难免会引起其他各军的嫉妒甚至不快。
此外，当初议定军制改革之时，内阁分管兵部的次辅李春芳就曾对“司令”这一称谓提出疑义，朱厚熜振振有辞地解释说：“所谓‘司令’之‘司’便是执掌、掌握之意；‘令’乃是朝廷之令之意，也便是说方面军、兵团之长乃是奉朝廷之令执掌所部兵马。司令司令，有令才有司，无令便无司，所司之事不过令也！朕以此为名，旨在提醒、告诫为将为帅之人不可忘记朝廷之令而挟军自用。”这样的说法当时把李春芳糊弄过去了，但从现在看来，却是作茧自缚——一个小小的分舰队，自然不必由内阁或兵部直接下令，而没有朝廷之“令”，他们还“司”个什么？
考虑再三，朱厚熜还是觉得现在还没到能将明军分拆为陆军、海军两大军种的时候，为了与其他各军保持一致，不致招来过多的非议和指责，惹出不必要的麻烦，他不得不搞出了这么一个土洋结合、古今混用的大杂烩，如同九边重镇统军大将仍称总兵一样。
不过，朱厚熜力排众议，命兵部下令东海舰队，摒弃了原来以天干地支为每条战船命名编号的作法，授予每条军舰船名，新的船名采用南北两京、中都凤阳及一十三省省府、治下各大城市之名。其中，第一分舰队旗舰——也是东海舰队提督戚继光的旗舰——被授予“镇远号”；第二、第三分舰队旗舰则分别被授予“抚远号”和“定远号”之名。
东海舰队各条战船——如今应改称为“战舰”了——都装备有兵工总署军器局专为战船研制的神龙炮。这两年里，兵工总署军器局在御制神龙炮的启发下，研制和制造火器的技术水平有了长足的进步，为海军研制的舰炮不但比各军神机营所用的御制神龙炮威力更大、射程更远，还更为轻巧。即便如此，朱厚熜仍担心，让他们为舰炮设计了导规，解决了火炮发射后的复位问题。此外，各条战舰从船头到侧舷，吃水线以上都被覆有半寸来厚的铁板，虽说还不能称之为铁甲舰，经军器局的反复测试，防备佛朗机炮还是没有问题的。
如今，又有斗大的镏金铜字钉在各船船头，在阳光下闪闪发光，显得煞是威风。东海舰队有如此坚船利炮，全军将士们无不兴奋莫名。
其实，朱厚熜早就提出此议，兵部遵照上谕，草拟了一系列船名上呈御览，供皇上圣裁决断，有“龙骧”、“虎贲”、“镇远”、“抚远”、“扬威”等等，个个都是无比响亮，令前来京城参加军事检讨会的戚继光看得血脉贲张，满心以为皇上定会欣然同意，立刻颁旨允行。可是，圣旨却迟迟未发下来，令兵部和戚继光都为之提心吊胆。
原来，一看到“镇远”、“抚远”这样的名字，朱厚熜立刻就联想到了历史上那令人扼腕痛惜、更为之悲愤不已的北洋水师，为此，他陷入了矛盾之中——一方面，中日甲午海战，北洋水师全军覆没，而组建东海舰队，一是为了平定倭寇，二来也是为了日后远征日本，用北洋水师的名称就显得不大吉利；另一方面，他非常想以此为东海舰队命名，来剿灭倭寇、远征日本的胜利纪念为了保卫祖国而奋勇杀敌，壮烈牺牲的中国第一代海军邓世昌等人。不过，犹豫了许久，更经过了激烈的思想斗争，朱厚熜还是抛弃了封建迷信的思想，决定采用兵部拟订的那些名字，并特别将“镇远”、“抚远”和“定远”这三个名字赐给了东海舰队的三支分舰队的旗舰。
作为被皇上一手简拔并悉心培养的青年将领，戚继光自然不敢妄加揣测皇上的心意，只以为皇上是对东海舰队的战力仍不放心，担心“盛名之下，其实难副”，倍感肩头责任重大，因而在奉旨觐见之时，慷慨激昂地表示深受浩荡天恩，自当以身许国，不平倭乱愿意以死谢罪。朱厚熜知道他会错了意，却也不点破其中原委，而是勉励他化压力为动力，从战略上藐视敌人，在战术上重视敌人，务必督率全军从速剿灭长期为祸大明海疆的倭寇海盗。
要将东海舰队整编为理想中的那支能纵横四海的海军，可不只是改变官衔称谓和给军舰命名这么简单，朱厚熜已责令兵部会同五军都督府在着手制订《明军条令》的同时，谋划制订一部《大明海军条令》，包括指挥条令、作战条令、内务条令等等。
当然，朱厚熜也知道，制订条令是关系着大明军队正规化建设的头等大事，当然不能一蹴而就，又是开天辟地头一回，没有任何旧制成例可供参考，难度可想而知，兵部和五军都督府领旨为明军制定条令，商议多次仍不得要领便是明证。加之朱厚熜也不是职业军人出身，只知道有条令这么回事，具体什么内容却说不出个所以然来，只好让他们先根据自己的想法弄出一个草案，发禁军及九边督抚将帅广泛征求意见，做进一步修改完善之后再颁行全军。五军都督府所有将领皆出身于步骑之军，为目前仍被笼统称之为“明军”其实是陆军的明军制定条令尚且如此之难，更不用说是为前所未有的海军制定条令了。
不过，为海军制定一部新的军功奖惩条例倒是相对容易一些。针对水战需要全舰人员齐心协力、密切配合，而不是象步骑之战一样，可以单打独斗，凭借一己之力冲锋陷阵的特点，朱厚熜指示兵部会同五军都督府在制订《大明海军军功奖惩条例》之时，不再采用明军以斩首多少为核定军功唯一标准的一贯作法，而是以军舰为单位，以击沉、击伤敌方船只数核定军功。大致分为三等：一、击沉敌舰一艘，除了按照敌舰舰只类型和舰上之敌人数赏银之外，还可在船头上钉一颗铜制实心五角星；满五颗星，全舰官兵同升一级；满十颗星授予“王牌战舰”荣誉称号，舰长亦授“王牌舰长”荣誉称号。二、击伤敌舰一艘并迫使其退出战斗，可钉一颗铜制空心五角星，两颗空心五角星等若一颗实心五角星，累计受赏。三、俘虏敌舰等同击沉，并根据船只类型加赏数额不等的赏银。
此外，《大明海军军功奖惩条例》之中还特别提出，所有“王牌战舰”退出现役之后，要永久陈列于各处军事博物馆或海军学堂，供后世之人瞻仰；所有“王牌舰长”的画像入海军名人堂陈列，功勋卓著者的名字还将被命名为军舰的名字，以纪念他们为大明海军正规化建设和保卫祖国海疆做出的巨大贡献，激励后辈追思前贤，效命家国，纵横四海，扬威域外。