国朝科举旧制，会试由十八房考官阅卷，分为优、中、差三等，优等试卷报主副考官复审，决定是否取中；中式举子殿试策论由内阁辅弼重臣与六部九卿会同阅卷，商议酌定名次，前十名报皇上御览裁定。可是，制科不经会试大比，二百八十六名应试生员直接殿试，比起以前每科百十位会试中式举子，就给那些参与阅卷的朝廷重臣增加了不少工作量。内阁辅弼重臣与六部九卿压下手头不急的公务，齐聚内阁值房，二十多人肩并肩地挤在一字排开的大案两边，集体审阅制科应试生员的策论。内阁首辅严嵩则因其子严世蕃应试，照例该当回避，如今已自觉地回到所兼任的礼部衙门处理公务了。
不过，这也是朱厚熜明确要求并一再强调的。概因这一次制科取士，一要直言时弊；二要提出改易方略，应试生员所提方略，那些出身翰林院的十八房考官不见得能看得懂，而且如若确系可行之策，接下来便要有司衙门施行，那些部衙堂官们早一点接触也有好处。
此外，由于制科不确定名次。朱厚熜提出，应效法会试初选之例，将试卷分等，优等八十名全部呈送御前，由他亲自确定是否取中。既食物君禄，便要忠君之事。皇上尚且亲为表率，谁敢在皇上如此重视的制科取士上殆废臣职？三月二十八日制科殿试结束，到了四月初二，内阁便呈上了拟定优等的八十份墨卷。
国朝积弊之多，多如牛毛，应试生员只要留心政务，便俯拾皆是。而且，被举荐应试贤良方正能直言极谏科，生员们都是有备而来，所提建议无不切中时弊，言辞之激烈，比那些信奉“臣言已行，臣死何憾”的科道言官也有过之而无不及，不但将阅卷的那些内阁学士、六部九卿看得胆战心惊，就连早就有心理准备的朱厚熜也是冷汗直冒，却又不胜欣慰之至。
有的生员纵论国朝大政，所提建议高屋建瓴。比如朱厚熜如今最关注的大力发展商品经济、促进资本主义萌芽的，就有两位应试生员提出了切实可行的改革方略，让朱厚熜读来忍不住拍案叫好：
其中一位应试生员提出，该当废除“铺户当行买办”之制，改为“招商买办”和“佥商买办”的建议。所谓“铺户当行买办”，即规定各行铺户必须轮流义务当差，替官府采办货物。办货的钱表面上由官府发给，但实际上，却往往并不给足，到底给多少，那就得看官员个人的品行、胃口而定，其间伸缩性很大。而大明朝的官员，大多数都是见了银子不要命的人，指望他们如数付款，实属痴心妄想。那么，不足部分就得由各行当值的铺户自己补足，由之造成的亏损，也得由他们自行承担。铺户畏惧官府的势力，只有忍痛认赔。这个制度实行多年，将各行各业的铺户们逼迫的叫苦连天；有办法的富商，总是贿赂当道，投靠官府，逃脱差役；那些没有办法的中小商人，往往被弄得倾家荡产，甚至还有卖儿卖女，投河上吊的。铺户们不堪重负，联合起来歇业罢市的事情也屡有发生。
该生员认为，该废弛“铺户当行买办”之制，改以招商买办，“上有所纳，给予价值”；“着有司核定时价，价照时估，如数给予，是以国用既不匮乏，而商又得利。”若遇朝廷大宗采买，则“乞将年例钱粮办纳之数，以难易定其多寡，以迟速定其先后。多者预支十分之四，递减至一分。半年以内全给，一年以外先给其半。”
还有一位应试生员也议论的是这个问题。不过，他是从经济角度入手，畅论了朝廷对于商贾课以重税的弊端。
明朝开征商业税的名目本来就很多，而且税种愈来愈繁，税额愈来愈高。开店铺的有市肆门摊税；一应塌房、库房、店舍、停储客商货物的栈房，必须每日纳钞；驴骡车受雇装载货物，出入京城或其他城市的，每辆亦必要缴纳车马税。水陆通道，各设关卡税监，按照路程远近、装载货物多少，分别征收船料税、条税、门税、关税。其他诸如鱼课、酒醋税、牙税、香税、头匹税、落地税等，难以尽录。而且，上至宫廷皇室、朝廷户工两部，下到各省、府、州、县的官吏胥役，都向商人伸手，大小管道分别唆吸钱财，筹算及至骨髓，不遗锱铢。公私交征，黄台之瓜，何堪再摘？于是，商业遂陷于重困，商贾罕至、货殖不通，进而影响到了国家税收的持续增长。显而易见，这种杀鸡取卵的短视行为，实际上是自堵税源，破坏财政平衡的愚蠢做法，与明中叶以来商品经济日益发展的趋势更是背道而驰。
该生员认为，“古之为国者，使商通有无，农力本穑，商不得通有无以利农，则农病；农不得力本穑以资商，则商病。故商农之势，常若权衡。然至于病，通无以济也。”也就是说，农商必应相互倚赖，农与商虽然职业分工不同，但异业而同心，都是社会生活不可缺少的，都能够对社会做出不同的贡献。明确提出了“欲物力不屈，则莫若省征发，以厚农而资商；欲民用不困，则莫若轻关市，以厚商而利农。”的主张，建议朝廷不能无视农商之间相辅相成的辩证关系，不能忽视商力所能承担的限度，故此，必须在榷税制度上作较大幅度的改革，从整顿榷税制度，肃清巧立名目以增课，减少重复征税，严禁滥肆罚借入手，严申法令，革除积弊，抑平物价，减除中饱，限定税额，才有可能畅通物资交流，保证工商业的存在和发展，促进贸易繁荣。
看到这两份策论，使朱厚熜联想到了时务科经济科有两位进士的策论，一是建议朝廷取消商人“市籍”，准许商人自由经商；一是建议朝廷废弛“牙行”包买包卖制度，准许行商按地域设立会馆，自行觅主发卖。
所谓“市籍”，指的是凡要在城镇经营工商业的人，必须先到官府登记，取得批准，才可以“占市籍”。如果未获准“占市籍”而擅自经营工商业的，就属于违法，可以按照游民处理，或被驱逐或被拘捕。之所以朝廷要专门立有“市籍”，一方面是为了加强对工商业者的控制和限制；另一方面则用以作为对占籍者征调各种繁重差役的依据。一些工商业户“占籍未及数年，富者必贫，贫者必转徙”，不少人因此只好被迫逃籍。
而坐地牙商包买包卖，则是行脚商人的一大苦处。行商扬帆载货，将本图利，比之要办理“市籍”，承担差役的坐商，固然多了许多自由；但一买一卖，都要受制于牙行，不经牙行，便不能购货，也不能发卖。牙行商人仗着有官府牙帖，坐收厚利不说，还将自己不得不承受的买办之苦转嫁到外来行商头上，甚至还有一些不道德的牙商，恣意欺侮外来行商，赚取最大限度的利润。该生员墨卷之中所揭示的牙商其用心之险恶、手法之诡异，令朱厚熜看了也不禁瞠目结舌：
大凡商货初到，牙商照例宰鸡设宴，招妓演戏，殷勤招待。及至商货到了牙行的货栈之中，便任意把持，私行取用不说，还往往压住商货，不觅主发卖，弄得行商常常要等上数月一年之久，仍不能将货物脱手。那些做行商的，哪一个不是把身家性命压在行情涨落之上，被牙行这么一压，好端端的热货便成了冷货，简直是要了行商的命。
按说商货跌价，牙行也并无好处，但他们一味招揽，自己做不来也不许行商自行发卖，到了货贱之时，牙行更是压着不发，却照旧要向行商收取客栈租金和俗称“牙用”的佣金。那些行商多是小本经营，哪里受得了牙行这样折腾？只好任由他们摆布，赶紧忍痛将货物低价贱卖了事。说起来，行商之苦，比之坐地经营的牙商，则更有过之而无不及。
朱厚熜早就知道，中国的资本主义萌芽早在明朝中叶就已经出现，之所以未能得到很大的发展，一大原因就是因为明清两朝一直奉行“重农抑商”的基本国策，对商业活动课以重税，责以义务性的派买，横加盘剥；并对商人严加管理，出行要有路引，经商要有市籍。种种抑商的弊政不除，大力发展商品经济就绝无可能，更不用说是对中国传统的自然经济形成根本性的冲击。只是他并未深入研究过经商之道，不知道该从哪里着手进行改革，这几份策论虽说都只是从一个方面论述了这个问题，但结合起来，不正是他梦寐以求的大力发展商品经济的一整套方案吗？
因此，他毫不犹豫地在那两份奏疏上面用朱笔画了一个圈，准备等取士完毕之后，将之与经济科两位进士的策论一并交由内阁会同有司仔细研究，通盘考虑，拿出具体可行的章程，对明朝“重农抑商”的现行国策进行改良，至于要旨，也是现成的——“厚农而资商”和“厚商而利农”。
一次开制科和时务科取士，就解决了这么重要的一个关系到国家发展根本大计的问题，令朱厚熜感慨万千：看来，明朝并非没有可用之才，而是都埋没于草野之中，这一科取士，真是物超所值啊！
海瑞议复井田制的策论并未出现在那八十份优等墨卷之中，这本在朱厚熜预料之中，但想来想去，他还是有些舍不得……