高干南下之后又参与在河东一带的叛乱，当时朝廷准备调走原河东太守王邑，任命杜畿为新的河东太守，这一让河东郡很多人不服，于是他们在高干以并州背叛曹操后，与之响应，遂反。
【杜畿入河东】
在袁尚派高干、郭援等人讨伐河东之后，曹操集团对于河东郡的重要性有了进一步的认识，于是决定加强对该地区的统治，当时的河东太守王邑虽然站在朝廷一边，并且深受当地百姓爱戴，但毕竟不是曹操的嫡系，于是曹操就对荀彧：“关西的那些将领凭借险要的地形和骑兵，要是去征剿他们一定会引起叛乱。张晟在山、渑水之间烧杀抢掠，向南联络刘表，卫固等人也效法张晟，我担心他们为害太深。河东郡依山绕河，四周的邻郡总是发生变故，是当今天下的战略要地。请您为我推荐像萧何、寇恂那样的人去镇守河东。”
荀彧：“杜畿能够胜任。”于是曹操追授杜畿河东太守的职务。
这下王邑就不干了，他在河东做土皇帝做的好好的，一没作乱，二没得罪曹操，换谁也不愿意啊，于是他联合部下卫固、范先等人，先是派出部队阻断黄河渡口，不让杜畿入境上任，更是让卫固、范先去找钟繇谈判，表达民意，要求把自己留下来。
结果钟繇不但没有答应，反而要求王邑快办好交接手续，王邑一气之下，自己带着印符也不给杜畿，就跑到许昌找朝廷讲理去了。后被朝廷任命为大司农，这才善罢甘休。
但卫固、范先等人依然不服杜畿，并且有作乱的准备，为了让杜畿顺利上任，当时朝廷甚至准备让夏侯惇率大军帮助杜畿。
然而杜畿却道：“河东郡有三万户人家，决不是人人都想作乱。现在如果大兵压境，把他们逼急了，想做好事也找不到带头的，就一定会因为惧怕而服从卫固。卫固一旦消除后顾之忧，必然要拼死抵抗。我们讨伐他如果不能取胜，四周的邻郡就会响应他，天下的变乱就平息不了了。如果我们能够取胜，也是摧残一郡的百姓，况且卫固等人还没有明目张胆地抗拒朝廷，表面只是以请求过去的太守为名，一定不会加害新太守。我单身前去，出其不意，卫固为人计谋很多，但缺乏决断的能力，一定会假装接受我的指挥，我只要在郡城呆一个月，就能设法用计困住他，时间足够了。”
于是杜畿进入河东，准备赴任。
【戏耍卫、范】
杜畿和卫固是老相识，而范先应该和杜畿没什么关系，所以范先要杀杜畿借以威慑部下，就想先观察一下杜畿的动向，便在门前连续杀了郡中主簿以下的官吏三十多人，杜畿目睹惨状，若无其事。卫固就：“杀了他也不能损害他什么，徒然给咱们树立恶名，况且控制他的权力在我们手里。”范先一听也觉得有理，便承认了杜畿的太守身份。
杜畿见此，对卫固、范先：“你们二位，是河东的希望，我不过靠你们坐享其成罢了。但君臣之间有固定的规矩，成败都一样，遇到大事应当平等地一块儿商量。”杜畿任用卫固为都督，让他兼任郡丞，又代理功曹。将军、校尉吏员、士兵三千多人，都归范先统管。卫固等人很高兴，虽然表面上服从杜畿，但心里面却慢慢的不把他当回事，放下了戒心。
而后卫固要大举发兵，杜畿就装作很担心，劝卫固：“想成就非凡的大事，就不能轻易地动摇军心。现在倘若发动大军，部下一定会骚乱，不如慢慢用钱来招募士兵。”卫固认为他得对，就听从了，用钱来征调，过了几天才调度停当。而部下的将军却因为贪图钱财只招募了少于预定人数的士兵。
杜畿于是又去面见卫固，为他分析：“人情都顾念家属，可以分别让将军和掾史们回家休息，有紧急情况再召他们回来也不难。”卫固等人不愿意失去人心，又听从了杜畿的劝告。
杜畿就这样一步一步牵着卫固等人绕圈子，把他们的心腹爪牙，都成功遣散了。而杜畿本人，私下里又做了许多服工作，悄悄团结了一批支持自己的人。
【平定河东】
高干背叛曹操之后，河东郡也大受影响，当时曹操亲自讨伐壶关，高干向南匈奴求援不成，遂南下。
高干进入河东郡濩泽，适逢张白骑进攻河东东垣，弘农反曹势力张琰也劫持曹操所置的太守，卫固、范先等人也响应高干，但因为将校已散，匆忙之间召集不起来。
杜畿则趁此机会逃离，并且与卫固等公开决裂，赴张辟拒守，以河东太守身份数十天就得到四千余兵。卫固和范先带着自己勉强纠集起来但部队，伙同高干和张晟的军队，联手进攻杜畿，不能取胜，又跑到各县抢掠，也没有什么收获。
此时张既西征马腾等凉州兵，加上钟繇的士兵，都联合在一起。钟繇率领诸将与高干等人开战，高干再次败在钟繇之手，高干和张晟败走，卫固和范先、张琰都被杀。
高干此时进退失据，只能南下荆州，准备投靠刘表，但在途中被司隶校尉王琰所杀，献首于曹操。而在杜畿的建议下，卫固和范先的党羽被曹操赦免，回家各操旧业。河东郡的局势，就此基本平定。
杜畿是一个相当有谋略的家伙，在进入河东之后把卫固、范先耍的团团转，而在平定河东内乱后，杜畿作为河东太守成就一都不虚于前任王邑。他结合了儒、道两家的特，既宽惠爱民，又清静无为。先是以农业生产为重心，督促百姓，努力耕织，多养牛马。把农业搞上去后，杜畿又开始提倡教育，甚至亲自担任教授，传授儒家经典，多年之后，河东郡出现许多的大儒，这和杜畿的努力是密不可分的。