第二个降临到这星球的外星文明，并不是科技力量有多强大，而是强大的拥有各种强大异能的生命体，就连横渡星空的那艘巨大“星舰”，都是有着比合金更为坚韧的甲壳、类似于节肢动物的庞大存在。
而它们来的目的，就是将这星球变成一个新的巢穴。
亚特兰蒂斯人将这个文明称为“虫族”。
事关生存空间，战争不可避免地爆发了，这一战持续了数年之久，其间亚特兰蒂斯母星接连派来支援，最终将虫族消灭。
但这颗星球也被战争摧毁，能生存下来的人类寥寥无几。
就连它们以巨大的探测飞船为基础、在大海上建造出的“亚特兰蒂斯大陆”也因为冰川融化导致的海平面上升而淹没，它们不得不将失去动力的探测飞船恢复成金字塔的形状，等待动力补充。
如此一来，耗费无数时间和心血的“亚特兰蒂斯大陆”就此分崩离析、沉入深海。
亚特兰蒂斯人之所以能战胜虫族，是研制出了针对虫族生命体的超级病毒。
这种紫色病毒虽然增殖出无穷的数量，但彼此之间却有着神秘的联系，而且它们控制了那些虫族战士的尸体，然后彼此吞噬融合，最后诞生出一个恐怖的存在。
这是纯为战斗而生的存在，可以发现强大生命个体然后吞噬的存在。
它们将这存在称为“收割者”……
毕竟是亚特兰蒂斯人创造出的紫色病毒，它们对收割者有着一定的控制力，但这控制并不牢固，在发现收割者有着惊人的学习能力后，亚特兰蒂斯人终于开始恐惧了，又因为虫族已经探知这颗星球的存在，它们决定撤离。
亚特兰蒂斯人离开了，留下了收割者。
但留在这星球上的，还有无数虫族生命体的基因……
毁天灭地的大战之后，还是有着极为稀少的人类和各种生物存活下来，慢慢繁衍壮大，但因为那些散布在星球各处的虫族生命体基因被一些生命摄取，渐渐的，这些生命体的后代开始变异，一个个强横的存在开始出现，而这些存在因为其超出想象的强大实力，被人们视为“神灵”或者“恶魔”……
只是当这些神灵和恶魔成长到一定程度的时候，收割者就出现了，激烈的战斗将世界毁灭，收割者再次消失，如此轮回。
但这些历史随着一次又一次末世之中存活的少数人类流传下来，而且经过数次的复苏和摧毁，那些强大的基因渐渐沉寂，人类的文明迎来了高速发展。
在这段漫长的历史中，收割者并没有沉睡，它已经发展出难以想象的智慧，并且掌握了大洋之下金字塔资料库中的所有知识。
借助这些知识，它尝试着恢复大洋之下金字塔的动力，它要离开这颗没有了“食物”的星球，它要去星空深处收割那些强大的存在。
亚特兰蒂斯文明的动力之源，是一种名为“磁欧石”的能量装置，可以高效利用和存储太阳能。但磁欧石不但是极为强大的能量系统，同时也是恐怖的毁灭性武器，相关技术是整个亚特兰蒂斯文明的绝密，探测飞行器上的资料库不可能有相关记载。
所以收割者想要离开这颗星球的愿望在无数次失败后破灭了，它开始搜寻亚特兰蒂斯在大战中遗落在这星球上的飞行器，终于在另一块大陆发现了一个，因为漫长的岁月，那座金字塔已经被掩埋在地下深处。
不过对收割者来说，只要是在这颗星球上，位置不是问题。
当然，因为它的到来，这块区域开始流传黑翼魔神的传说，而到了旧时代末期，为了搜集修复飞行器的材料，它被人们发现，最终导致了核弹的攻击。
正因为太长的时间没有“进食”，收割者体内的能量储备差不多耗尽，所以被核弹摧毁了……
但数十年后核战爆发，无处不在的辐射再次将那些虫族的基因唤醒，随着光明重临世间，那些基因中的异能也被这光明激活。
而导致辐射云散开的，正是重新回到这星球的一艘亚特兰蒂斯飞行器……
虫族与亚特兰蒂斯人在这星球一场激战之后，用虫族秘法在亚特兰蒂斯人的飞船上留下了烙印，当那些金字塔形飞船回到母星，也为虫族指明了敌人的方位。
无数虫舰横渡星空，经过漫长的星空旅行，浩浩荡荡杀向亚特兰蒂斯星。
因为上一次的战斗，亚特兰蒂斯人探知虫舰到来后知道了敌人是谁，但它们寄予厚望的紫色病毒却再也无法培植出来，即便培植出来也没有活性。
亚特兰蒂斯星沦陷了，成为虫族新的巢穴，只有一个亚特兰蒂斯人重伤之后驾驶飞船逃了出来，带着亚特兰蒂斯人的生命种子，飞向有着收割者的那颗星球。
也正是这艘飞船的到来，将覆盖星球的辐射云破开，从而产生连锁反应，让这世界重迎光明。
但这飞船走得太仓促，虽然成功抵达这颗星球，却已耗尽能量，沉入深海。
不过飞船驾驶员在临死之前，利用仅存的能量激活了“重生系统”，而亚特兰蒂斯的每一艘飞船，都有这个系统的后门，系统激活的信号可以传输到极远的位置，一般来说可以覆盖一个星系。
顾名思义，这个系统是为亚特兰蒂斯文明的重生而存在的，高度智能化的系统可以自行判断所处星球的环境，评判原住民的危险等级，根据亚特兰蒂斯人的生存条件来改造这星球的环境，将所有存在的威胁清除，同时收集资源。
直到条件适合，封存在飞船中的“生命种子”才会解冻、培育，然后慢慢繁衍壮大。
整合了亚特兰蒂斯所有科技文明的智能系统，同时也整合了所有的情报资料，而收割者在这星球的金字塔中留下了许多它的资料，被重生系统高度重视。
于是，重生系统就以收割者为蓝本，投影出了那个虚影的形象……