在和朝廷代表团进行漫长的马拉松式的毫无意义的谈判的时候，杨夙枫的工作重点落在了蓝羽军的整顿上。这次对于蓝羽军的整顿涉及了方方面面的内容，可以说是对之前总结出来的问题的一次大规模的解决，同时也是全面梳理蓝羽军各级指挥机构的过程，达到实现部队正规化、思想化的目的。整军工作其实从年初就已经逐渐的开始，在四五月份达到了最高潮。
从后世而来的杨夙枫当然做梦的时候都谨记枪杆子里面出政权的道理，对于蓝羽军不敢有丝毫的放松，在这种战乱的年头，只有雄厚的武力才是生命和权力的保障，没有武力作为基础，其他的都是废话。然而，从蓝羽军部队开始建立的那一天开始，存在的各种问题和缺陷就很多，编制上的、指挥上的、训练上的、作战上的，不一而足，杨夙枫自己在笔记本里面就记录了各种问题和缺陷足足三百多项。虽然很多缺陷要具体问题具体分析，有客观因素的影响，但是主要的，还是主观上的问题，必须通过一次全面的系统的整顿才能够达到目的。
这次整军首要的问题就是合理的重新调整部队的编制，相应的扩大部队的规模，以适应将来战争的需要。从蓝羽军建立的那一天开始，蓝羽军就基本处于持续不断的战斗状态中，东南西北的战斗不断。为了满足战斗的需要，部队不断的断断续续的扩编，没有考虑到一个持续的系统性的问题；兵员的构成也越来越复杂，战败势力的俘虏也越来越多，这些人，在战斗素质上没有问题，但是思想上还没有经受严格的教育，必须将他们错开编制，才能防微杜渐的防止问题的发生；蓝羽军的各级指挥官也是因为战斗的需要而临时配备的，没有考虑的太多，很多都是上一级领导直接任命的，没有经过组织的讨论，容易因为个人的倾向性而产生山头主义，尤其是那些收编的土匪武装。
即使到1728年年底的时候，蓝羽军的编制也是相当混乱的，甚至部队的名称都不统一，例如格莱美国防军；装备就更加不用说了，没有形成合理的配备，没有科学的考虑到各种武器的搭配问题；各部队之间的军官指挥水平也是参差不齐，有的部队指挥官大都来自军事学院，有的部队指挥官大都来自土匪武装；至于不同部队之间战斗作风和战斗力就更加是天渊之别了，例如凤采依的部队在正规作战方向非常娴熟，而蓝楚燕的部队则还是喜欢各自为战。而且有的部队在思想上、作风上都和杨夙枫的期望有很大的差距，尤其是蓝楚燕麾下的部队，存在的问题特别多，不加以最严肃的整改，恐怕会处于失控的状态。
而蓝羽军的海军，扩编的速度也非常快，随着造船工业的开足马力生产，龙牙战舰源源不断地补充到海军之中，使得每个海军舰队的龙牙战舰数量都大大地增加。但是，龙牙战舰的数量的增加，并不意味着海军战斗力的增强，在军舰数目达到一定数量的情况下，制定合理的训练和作战方案乃是非常必要的，要不然的，人多乱事，船多也会乱事。同时，对于100毫米口径的舰炮，也总结了一些基本的射击原则和经验，需要通过培训和训练尽快地传授给每个海军官兵。
经过蓝羽军军部长达半年时间的仔细的研究和讨论，参考各方的意见终于形成决议。1729年3月20日，杨夙枫签署命令，颁布了蓝羽军最新的编制序列表。蓝羽军目前主要包含有三大兵种：陆军、海军、海军陆战队。
蓝羽军的武装力量包括两大组成部队，一个是野战部队，一个是人民警卫队。野战部队就是通称的蓝羽军，负责跨境作战，对外作战，是蓝羽军陆地上最主要的组成部分；人民警卫队负责协助地方政府维持地方治安和处理境内的零星战斗。野战部队只有军事委员会才可以指挥，人民警卫队由军事委员会和各级政府双重指挥。
蓝羽军陆军野战部队的军制，采用了现代发达国家的陆军的三三制的基本编制，只是根据美罗地区的具体情况作了稍微的调整。陆军部队中，3个士兵为一个战斗小组，3个小组为一个步兵班，另外有一个班长、一个副班长和一个文化教员（相当于政委），全班12人，其中班长和文化教员配备自动步枪，3个战斗小组中2个完全配备毛瑟，一个小组除了一人使用毛瑟，剩下两人分别用轻机枪和狙击步枪。
3个步兵班组成一个步兵排，配正副排长，共38人。3个步兵排为一个步兵连，另外附设通讯班1个，配备三个电台；重机枪班1个，配备2挺重机枪；迫击炮班1个，配备1门迫击炮；连部警卫班一个，全采用自动步枪；炊事班1个。正副连长各一人，全连标准编制共180人，可以根据实际情况加强编制，最大编制可以达到300人左右。必要的情况下，可以连为单位单独作战。
3个步兵连组成一个步兵营。另外附设骑兵排1个，负责应急处突，是初级的快速反应部队；辎重排1个，编制内的辎重兵，除了使用驮马运输后勤物资，还有就是铺路搭桥，有点工程兵的意思；野战炮排1个，配备75毫米野战炮4门，全骡马化以保证行军速度；侦察排1个，也全采用自动步枪；医疗和宣传排1个，主要是女兵；营部含警卫班一个，通讯班一个，还有若干参谋，设定为一个排编制，另外包括正副营长和参谋长共三人，标准编制每营为700人，正常情况下营为蓝羽军的基本作战单位。
3个步兵营组成一个步兵团。另附设骑兵连1个，负责较大规模的应急处突，是步兵团的拳头快速反应部队；辎重连1个，负责后勤运输和铺路搭桥；75毫米口径榴弹炮连1个，包含12门火炮，全骡马化行军；侦察连1个；医疗宣传连1个；教导连1个，该连的全部士兵都按照其军衔的上两级要求来训练，是战场上补充部队战损的各级军官的主要来源，同时也是征服一地后就地扩军的主要骨干力量；团部定为1个连的编制，包括正副团长和参谋长各一人，标准编制共3300人。
团基本上是蓝羽军现在最大的编制了，也是基本的战略单位。根据以往战例，占领格莱美也不过用了2300人，不到一个团的编制，当然，当时是全自动化武器，但是在机枪和火炮配置上还不如现在的配置，因此一个团（或者加强团）大概就可以用于攻克占领相当于唐川帝国一个道的地区了。
蓝羽军陆军的最高级别单位是师，一般来讲，是3个团为一个师。另附设骑兵营1个，作为快速反应部队；炮兵营1个，配备75毫米野战炮36门；陆军特战营1个，其实就是特种部队，比一般的侦察连更厉害；教导营1个，里面的士兵其实就是后备军官；医疗宣传营1个；师部也定为一个营的编制，正副师长和正副参谋长各一人，标准编制共16000人。
在必要的时候，将教导营里面的士兵充作军官，可以将师级编制扩展到25000人左右。不过，这是指三个团的师级编制而言的，杨夙枫更加倾向于一个师统辖三到六个团的兵力，这样可以更加的灵活调配师级的兵力，那种一师两团的编制是他最讨厌的。在定制番号的时候，杨夙枫给每个师都留下了九个团的番号，也就是说，在需要的时候，每个师最大限度的可以指挥九个团的兵力，到时候，整师兵力超过五万人也不是不可能的事情。以蓝羽军现在的通讯工具而言，指挥九个团协同作战也不是很困难的事情。
目前，蓝羽军陆军正规野战部队总共编成了三个师，但是这三个师都不满员，主要原因是军官和士兵都不足，必须在以后通过不断的战斗来补充。为了满足日后的战争需要，杨夙枫决心将三个师的架子先搭起来，以便各级单位都能够尽快使用这种新的编制的战斗模式。按照他的设想，蓝羽军目前每个师都包含有五个团的编制，其番号和指挥官大体如下。
蓝羽军陆军第101师，师长由杨夙枫亲自兼任，副师长兼参谋长由克丽苏娜担任。由于杨夙枫基本上已经脱离一线的指挥，所以101师基本上是克丽苏娜当家。101师下辖111、112、113、114、115等五个团，团长分别是桑格、苏列、欧阳缺、麦山、斯基贝尼。目前主要部队已经集中在紫川道地区，准备对鲁尼利亚动兵。101师的每个团大约兵力2000－25000人不等，全师兵力大约14000人。
这个师最大的问题就是新兵多，土匪出身的兵多，流氓习气严重，因此思想教育成了重头课。幸好克丽苏娜虽然还没有亲自上过战场，但是带兵毕竟还是有一套的，这从她当初指挥安莱军队反水的时候就可以看出来。克丽苏娜得到了杨夙枫的授命，当然不会错过机会，因此花费了大量的心血来打造这支部队，她不像蓝楚燕那样争装备，而是踏踏实实的练好内功，目光也盯准了鲁尼利亚，想要建功立业，就必须用敌人的鲜血来证明自己的能力。
蓝羽军陆军102师，师长由蓝羽军总参谋长凤采依兼任，下辖211、212、213、214、215等五个团，团长分别是勒普、轩杰、桑布、蒙柏、骆影枫。目前主力部队驻扎在阳川道，负责继续协助地方政府清剿太阳神教的余孽，同时做好大练兵，根据实际情况调动。这个师是蓝羽军陆军兵力最强大的一个师，每个团的兵力都在3000人以上，全师兵力超过了18000人。
这个师的官兵素质都是最高的，而且基本都是凤采依的嫡系，在运用重兵器的方面，很有心得，他们最拿手的就是步炮协同攻击，无论多么坚固的要塞都无法阻挡他们前进的道路。不过，现在他们面临的更大问题，不是攻克敌人的要塞，而是有可能要远渡重洋，攻击海面对岸的依兰大陆。
蓝羽军陆军第103师，师长由蓝楚燕继续担任。这个师是这次整顿中改革的最厉害的一个师，基本上各级军官都被更换了三分之二以上，普通的士兵也多半被调到其他的部队，新增加的士兵都是来自其余两个师的老兵。蓝楚燕也知道自己的错误，所以显得相当的配合，并没有表现出抵触的情绪。103师下辖311、312、313、314、315等五个团，团长分别是射颜、弑风、岩龙、史力威、屠尽诛。
这个师的兵力最弱小，每个团只有不到2000人，而且配属的炮兵部队比较少，不是杨夙枫不给，而是蓝楚燕不太愿意要太多的重装备，她需要“保持灵活性”，向轻装化发展。全师兵力大约12000人不到。不过，就单兵战斗力而言，这个师倒是最突出的，但同时纪律也是最差的。然而，有些奇怪的现象就是，103师的纪律最差，但是士兵的作战勇敢和战斗力却是最突出的，是典型的“野”战军，两头野，对待敌人凶悍，对待老百姓也凶狠，动不动就拳打脚踢，蓝楚燕也睁只眼闭只眼，除非闹得太过火了，才会出面制止。
除了三个师的野战部队之外，蓝羽军军部还直接指挥蓝羽军陆军特战队。陆军特战队经历过大半年的发展，现在已经有了初步的规模，在训练和作战上都摸索了不少的经验。根据竞争能够更好的促进进步的基本原理，杨夙枫将陆军特战队一分为二，分别组建了两个大队。每个陆军特战队大约包含一个加强连的兵力编制，标准配备240人，其指挥官分别是刀无锋和图斗珠。
陆军特战队直接接受杨夙枫的领导，主要负责潜伏敌后深入敌军的作战任务，例如袭击敌人的重要据点和城市，在敌人后方制造混乱，在混战中浑水摸鱼。所以，陆军特战队要大力发展狙击技术，相当数量的特战队官兵都装备了狙击步枪，苦练射击技术，准备在未来的战争中发挥更加可观的作用。
蓝羽军陆军的直属部队还有两个骑兵团。这是蓝羽军的较大规模的快速反应部队。由于战马的不足，而且部分战马需要用作运输和驮运重机枪、榴弹炮，所以能够用来作为骑兵使用的优良战马不过三千匹。蓝羽军陆军骑兵部队同样的编制为两个团，番号分别是951团和952团，其指挥官乃是风飞宇和列蒙。每个骑兵团大约有1200人，战马1500匹，主要以装备轻武器为主，为数不多的迫击炮就是他们最大威力的武器了。
根据美罗地区的地形特点，蓝羽军陆军还专门配备了两个100毫米口径的榴弹炮营，番号分别是901炮兵营和902炮兵营，这是蓝羽军目前最强的压制火力。每个炮兵营都有100毫米口径的榴弹炮36门，100毫米口径已经是畜力运输的极限了。本来杨夙枫有意思装备155毫米口径的榴弹炮的，但是由于155毫米口径的榴弹炮运输相当的困难，单是每个炮弹的重量就有九十斤，因此只在大型要塞装备，作为固定火力使用。这两个炮兵营平时归属蓝羽军军部直接控制，只有在需要的时候，才会配属到所需要的方向，归属师级指挥。
以上是正规野战军的配置，而人民警卫队则相对要简单一些。首先是武器要比野战部队低一个级别，蓝羽军装备的是毛瑟步枪、自动步枪、轻机枪、重机枪、迫击炮、野战炮等全系列的武器，而人民警卫队只装备毛瑟步枪和少量的轻机枪，没有炮火（要塞守备营例外）。然后是人民警卫队的编制比较分散，其最大编制为营，没有骑兵编制，通讯班只设置到营一级，这样每个营一般只有600人左右，平时驻扎在各个府或者要塞，负责防守府城，还有就是必要时出动镇压警察无法对付的事件，如果大量敌人来进攻，人民警卫队只是负责防守到野战军来援。
人民警卫队的编制按照地方政府的数量来设置，保证每个府都有一个营，可以应急处理当地的突发事件，相当于今天的武警。在一些比较重要的府，或者一些比较重要的要塞，人民警卫队的兵力得到相应的加强，要塞守备营还专门配备了马克沁重机关枪和火炮。但是，总体而言，人民警卫队只是地方守卫部队，同时也是蓝羽军野战部队的后备兵源。
蓝羽军海军按照七个舰队的编制来设立。分别是第一舰队，司令官雨飞凡，基地布雷斯；第二舰队，司令官弗莱彻，基地琶洲港；第三舰队，司令官克里克兰，基地圣马洛；第四舰队，司令官克莱乌迪马，基地海牙；第五舰队，司令官札兰丁，基地苏珊港；第六舰队，司令官苏枕书，基地斯多克；第七舰队，司令官特兰克斯，基地米伦港。
蓝羽军海军每个舰队的主力都是龙牙战舰，数量都在二十艘以上。这些龙牙战舰虽然是标准化生产，讲究的乃是速度，但是在装备的改良上还是持续不断的进行的。后期下水的龙牙战舰排水量已经增加到了八百吨左右，主要是增加了炮弹的储备数量，增加了冰柜，增加仓库的数量，使得可以存放更多的淡水和食物，可以在海上坚持更久的时间，可以获得更大的机动性。
同时，在改善船员的生活条件上，杨夙枫也是不遗余力的。由于火炮数量的减少，使得船员的数量也可以大量的减少，以前一艘排水量两千吨左右装备滑轨炮一百门左右的战列舰，需要配备五百到七百名船员，但是排水量只有八百吨的龙牙战舰，只需要配备六十四名船员，这使得船员的生活空间可以大大的改善，崩丝吊床也让船员们可以在船只的颠簸中安然入睡。当然，压缩柠檬汁还是必不可少的，这是防止和治疗坏血病的必备物品。
到1729年的五月份，蓝羽军海军七个舰队，已经拥有了一百八十多艘龙牙战舰和过万名海战官兵。随着实力的增强，海军开始迈开了主动进攻的步伐。第一个目标，就是亚丁海和珊瑚海之间的咽喉：崇明岛。当然，要攻占崇明岛，仅仅依据海军的力量是不行的，必须有海军陆战队的配合。
在这次大规模的整军中，蓝羽军海军陆战队是扩编最快的单位，通过大规模的扩军，总兵力超过了一万人。海军陆战队总共编成了四个陆战团，每个团的标准编制为2000人左右。其中一个团的兵力配属给特兰克斯指挥的第七舰队（北海舰队），其余三个团的兵力都在亚丁海方向。这是根据海军的作战任务需要决定的。无论是攻略崇明岛还是攻略吕宋岛，又或者在伊梦国和唐川帝国的海岸线登陆，除了需要强有力的海军之外，还需要强有力的海军陆战队打头阵。
海军陆战队的编制相对陆军来讲，要更加的精简，但是战斗力却更加的强大。这固然和抽调了陆军的大量骨干有关，但是海军陆战队的训练强度也是许多普通的陆军官兵望而生畏的。为了尽快地形成战斗力，杨夙枫和沈凌云都给了这些自愿加入海军陆战队的小伙子们极大的压力，每天的训练强度可以说是达到了人体承受的极限。
由于海运的限制，海军陆战队不可能携带太多的重型武器，即使是75毫米野战炮这样的武器，对他们来说，也不可能携带的太多。所以，自动火器的配备就想得相当的迫切。为此，杨夙枫专门签署命令，给海军陆战队的骨干配备AK47冲锋枪，以增强他们的瞬间火力。这种火力极其威猛的武器除了配备海军陆战队以外，就只有一个单位有幸装备，那就是负责杨夙枫安全的蓝羽军警卫营。
不过，杨夙枫也不得不承认，大规模的扩建海军陆战队真的很耗钱，一万人的海军陆战队简直比三万人的陆军还要花钱，阿方索从所罗门海域弄回来的资金一下子就花得差不多了。用财政大臣裁冰绡的话来说，在未来的一两年内，海军陆战队的规模保持在一万人左右，已经是财力能够承受的极限。除非等到蓝羽军控制区域内的经济全面复苏，又或者削减其他部队的军费，否则是没有足够的财力来支撑了。
蓝羽军武装力量的组成部分中还有大量的民兵。民兵的武器则只有改造过的来复枪，主要是为了维护乡村的治安，防范小股流窜的盗贼，没有薪水，但是农闲的时候要接受蓝羽军教官的军训，而且也是蓝羽军兵员的一个重要来源。民兵的存在还有一个很重要的目的，那就是普及国防教育（虽然目前还不能叫“国”），教导民众最基本的国防常识，增强他们的国防观念。
在这次整顿中，编制改革只是其中的一项内容，更主要的乃是思想教育。从去年年底开始，杨夙枫就开始有意识有目的开始向全军灌输“二十二条军规”和经过修改的“三大纪律八大注意”，并且自己亲自下到部队进行检查。虽然杨夙枫不想成为一个军阀，但是目前的形势逼使他采取一切的光明或者黑暗的办法来训练部队的忠诚度。
一直没有忠诚度的部队，即使战斗力强悍到能够打败火星人，对于他来说又有什么意义？
在这次思想教育中，杨夙枫倡导高级军官们首先反思和检查自己的思想行为，开展批评和自我批评的行动。蓝楚燕首先是要做检讨的高级军官。作为103师的师长，擅自扩军，对指挥部的电报不理不睬，甚至故意放纵部下烧杀抢掠，都是严重的不可饶恕的行为。虽然公开检讨的规模不是很大，只有团级以上的军官参加，不到一百人，但是蓝楚燕的检讨还是给了大家极大的震撼，包括风飞宇在内的各级高级军官，都开始深刻的认识到，这里是不同于往常的蓝羽军，而不是腐败不堪的帝国军队。
在高级军官自我反思的同时，杨夙枫也倡导在普通官兵中进行诉苦运动。虽然他一向都觉得诉苦运动是带有强烈的阶级色彩的，而且蓝羽军的军官也并非全部都出自受苦受难的贫苦家庭。但是，这项运动的效果的确非常的明显，尤其是是那些从奴隶和贫困家庭走入军队的官兵们，他们走上讲台勇敢的回忆自己过去所遭受的苦难，用生动形象的例子和亲身经历来指正旧社会的黑暗，他们的哭诉让其他的官兵们受到极大的感染，许多人纷纷写出血书，向上级领导保证，一定会用自己的生命来维护现在的幸福生活。
在这场诉苦运动中，许多出身高贵的军官，例如克丽苏娜、克莱乌迪马等人，都深深地感受到前所未有的教育，他们不但感受到内心的震撼，也感受到来自社会底层的强大的力量。这股力量一旦被引发出来，将是不可抗拒的，没有人可以阻挡他们的爆发。克丽苏娜等人不得不开始正式的检视自己，反思自己的行为，以避免这种毁灭性的力量将自己摧毁。这种自下而上的促进作用，是杨夙枫没有料到的，更加坚定了他对部队进行深刻的思想教育的决心。
“我能为美尼斯地区人民做什么？”
“我能为罗尼西亚地区人民做什么？”
这两个问题成为了蓝羽军官兵们讨论和争辩的最多的问题，通过不断的争论、学习，美罗地区的地域观念不知不觉地灌输到每个官兵的脑海中。杨夙枫需要的就是这个效果，美罗地区虽然名义上不是一个国家，但是事实上已经是一个独立的政体，国家观念必须灌输到每个人的脑海里。
蓝羽军的军事训练方式也开始走上科学化。
军事训练主要包括两方面的内容，一方面是加大火现代火器作战理论的研究和学习，重点上如何充分发挥现有的火力，如何组织现有的火力给予敌人最大的杀伤；另外一方面就是按照现代的科学训练方法来提高士兵的素质，而不是一味的蛮干。
对于蓝羽军装备的武器，不得不说，相当部分的蓝羽军军官都没有太多的了解，而对于如何合理的搭配和运用，就更加是一门崭新的课题。例如毛利伯格等人，虽然已经知道了米奇尔步枪的威力，放下了自己用惯了斧头镰刀，但是，他还是习惯性的将米奇尔步枪当作一根棍子来使用，子弹打完了以后，第一反应不是换弹夹，而是操起枪杆就和敌人肉搏。毛利伯格尚且如此，其他的盎格斯人可想而知，而在蓝羽军中，像盎格斯人这样的“野蛮人”还真不少。
上官林之所以藐视伊云大陆也不是完全没有道理的，这里的居民识字率恐怕不到依兰大陆的十分之一。
要在这些四肢发达头脑简单的普通士兵中灌输先进的作战理念，不是一朝一夕的事情，这也是为什么蓝羽的每个班都要配备一个文化教员的原因。只有在一点一滴中提高战士们的文化水平，才能使得蓝羽军的各项武器得到充分的利用，同时，文化教员也担负着政委的角色，负责对战士们进行思想教育是他们的主要工作，这项工作还排列在战斗技能的前面。
在中高级军官（连级以上）中推行学习《战争论》的热潮，也是这次整军的重要内容之一。如果说对于中下层官兵的教育主要是偏重于感情的，那么对于中高级军官的教育则是偏向于理性的。《战争论》就是最好的教材，能够让许多军官有豁然洞开的感觉，明白到战争背后蕴含的深刻的意义。
1729年7月3日，蓝羽军发起崇明岛战役。（未完待续）