按照朝廷原定的总体战略部署，江南游击军海运南下之后，应该再等一到两月，待游击军在江南登陆并取得一定战果，猬集徐州的叛军不得不分兵回援江南之后，朝廷平叛大军再倾师南下，与游击军及福建、广东两省的兵马南北夹击，一举剿灭首尾难以兼顾的江南叛军。
这本来也是朱厚熜做出让俞大猷率江南游击军沿海路南下，命高拱出使闽粤两省，协调两省平叛的初衷所在。可是，高拱、俞大猷衔命南下不到半月，朝廷就接到江南密报，南都那帮乱臣贼子已经平息了内讧，不但徐州叛军主力没有调动；反而增加了数万强悍的南蛮异族兵士，这无疑给江南游击军的军事行动增添了莫大的困难。
汪直的船队行于海上，与朝廷音讯不通，想要调整战略部署已来不及。想到那上万名大明健卒，尤其是“一将难求”的军事奇才俞大猷，朱厚熜不禁心如刀绞，但此战关系到大明国运，胜则万世之功，败则万劫不复，他也不敢独断专行，便于嘉靖二十四年五月初七，召集内阁、五府、六部诸位文武大臣商议整军南下之事。
内阁及兵部诸位大臣们的意见还是倾向于再等一等，等江南游击军和闽粤两省兵马出动之后再倾师南下。但中军都督府左都督、英国公张茂及前军都督府左都督、成国公朱至孝等军中硕勋和戚继光等将领却一致认为，朝廷养兵千日，用在一时，专为平叛组建的禁军早已军容严整、蓄势待发，此番南下定能将江南叛军一举荡平。加之禁军多为北方人氏，若是拖过了六月份再出征，南方澳热多雨的天气也会影响兵士战力的发挥，导致战事久拖不决，更有兵败垂成之虞。
就在文武大臣激烈地辩论了两天，仍是争执不下的时候，一名囚犯被朝廷先期派往徐州前沿监视叛军的河南卫所军钱文义所部押解进京。这一看似无关紧要的小事，竟成了促使朝廷下定最后决心的微妙因素。
此人便是去年年初曾带领会试举子大闹科场，今年更党附逆臣顾璘在南都拥立辽王图谋篡国的湖广才子张居正！
与何心隐、初幼嘉分手之后，张居正带着那些逃难的难民穿越了前线，来到北方。在当地官府的帮助下，那些难民陆续投亲靠友，无所依靠者也被安置在了官屯之中，只有张居正因言谈行止和他那身仆役打扮不大符合，被当作奸细抓了起来，严加拷问。五木之下，张居正不得不承认了自己的身份。
且不说张居正去年年初曾伙同他人煽动各地会试举子罢考，闹得天下沸沸扬扬；最近一段时期，南都拥“益”拥“辽”两派的争斗也被朝廷在《民报》之上大肆渲染，深入揭批那帮乱臣贼子打着维护祖制旗号，行谋权篡位之事的丑恶行径，他的大名更是声震宇内。对于这样的谋逆重犯，当地官府如获至宝，立刻将他槛送京师。为了防止在路途之中出什么意外，还特地恳请钱文义派了整整一队兵士押送。
此前听说张居正与江南那帮乱臣贼子搅在了一起，令朱厚熜深感遗憾，曾长吁短叹了许久，如今听说他自己送上门来，不禁喜出望外，当即召见了张居正。
一路北上，张居正亲眼见到了朝廷安置难民、大兴农务的诸多善政，亲耳听到了各地百姓交口颂圣之声，此刻又蒙皇上亲自召见，温言抚慰，更是感动莫名，遂俯身阙下，痛哭流涕地忏悔了自己附逆倡乱的错误，恳请皇上将自己明正典刑以儆效尤。
朱厚熜亲手将他搀扶而起：“年轻人哪能不犯错误？改了就是好同……”他咽下了即将脱口而出的“同志”二字，改口道：“哦，改了就是我大明的好臣子嘛！朕去年与你们有三年之约，朕绝不食言。不过，如今天下尚不太平，出外游学就不必了，你就安心去国子监去读书。下科大比，朕还想看你这名满天下的湖广才子蟾宫折桂、长街夸官呢！”
张居正感怀圣恩，几不自胜，便一五一十地将自己所知道的徐州叛军有关情况奏报给了皇上。
朱厚熜这才知道自己一点怜才之念，竟拣了一个天大的宝贝，张居正居然刚刚跟随新明朝廷钦差何心隐巡视过徐州！当即笑道：“真乃天助我也！看来读万卷书真不如行万里路，你这一年多来走南闯北，不但长了许多见识，更为朝廷立下了一大功劳。朕看你也不必到国子监去了，改去翰林院当庶吉士，你且好生读书储才，日后为朝廷效力。”
皇上如此厚待谋逆臣子，令满朝文武殊为不解，可当他们看到张居正写出的那样详实可靠的徐州叛军布防情况之后，谁也不说不出反对意见了——这么大的功劳，不亚于阵前斩将夺旗，别说是任庶吉士，就算是实授个五六品的官职也不过分！那些商贾贩夫之流不就是因乐输朝廷了些许银子，又给朝廷弄来了一点粮食，就被赏赐六品功名顶戴，虽是中官服饰，不算朝廷命官，但毕竟玷污官箴，张居正久负才名，位列朝堂只怕也比那些商贾更合适些！
吏部左侍郎兼翰林院掌院学士徐阶身为内阁辅臣，自然要比一般官员看得更深一层，能体会到皇上此举是为了笼络江南那帮心志摇摆不定的士子，但即便如此，谋逆是抄家灭族的大罪，皇上法外施恩不与他计较也就罢了，何必要许他跻身翰林院文苑清流之列，更许其任庶吉士？这可是被人目之以“储相”，寻常二甲进士不经馆选也难有此殊荣，怎能如此轻易让这个素怀异心更有谋逆情事的普通举子占据一席之地？因此，当张居正遵圣命前去翰林院报到的当日，他便召见了张居正，悉心考究了他的学问。具体考究情况旁人不得而知，只是在那之后，徐阶不再质疑张居正入翰林院的资格，却叮嘱他不必再驰骛古典，浸淫于秦文汉赋唐诗宋词，而是要下功夫钻研朝章国故，以备日后为朝廷所大用。张居正不但背负着“逆臣”之名，进翰林院也是蒙皇上特旨开恩，因而备受同僚的歧视，受到徐阶这样的关怀甚为感动，遂对徐阶持弟子之礼。徐阶虽在公开场合仍对他不假辞色，但也默许了他这种“私附门墙”的行为，时常指点他的学问，令翰林院一帮清流官员很是不齿，私下里多有议论。
不过，除了翰林院那帮无所事事，终日吟诗弄文的清流词臣之外，没有人对张居正这个悻进之臣感兴趣，满朝文武大臣感兴趣的是他关于徐州叛军的情报。得知猬集徐州的八十万叛军不过是一群外强中干的乌合之众，那些文臣们都打消了心中的疑虑，不再公然反对整军南下的决策；那些武将们更是口沫飞溅地在朝堂之上大声嚷嚷机不可失，时不再来，若有迟误，让徐州叛军有充裕的时间做出兵力部署调整，便是误国误军，罪莫大焉！
朝中大臣关于南下的意见趋于一致，朱厚熜便下定了决心，颁下了从速整军南下的诏命。
皇上乃是九五之尊，圣意不容违逆。朱厚熜的决心一定，整个国家机器便飞快地按照他的指示运转起来。诚如张茂等军中将领所言，禁军早已整训完毕，枕戈待旦以俟王命，在五军都督府和兵部的共同努力下，不过数日，总计三十五万的平叛大军便迅速集结完毕，效率之高让朱厚熜也不禁啧啧称奇。
但是，朝廷新组建的禁军总计不过四十万之众，出动三十五万大军可谓孤注一掷，倾师南下，如此庞大的军事行动当然不能草率从事；而且，比之去年那场北京保卫战，朱厚熜更将眼下即将开始的平叛之役视为对自己最大的考验，一旦战败，后果不堪设想。因此，他命人找来明朝开国以来历次重大军事行动的典籍史料，进行研究。
不看不知道，一看吓一跳，从明初开始，无论是北上灭元，还是南下平定藩王作乱，朝廷历次大举兴兵，既没有最高军事指挥机关确定作战原则制定相应的作战计划并进行局部动员，更谈不上建立完备的后勤保障体系，数十万大军便仓促出动。尤其是后勤保障问题，最典型的是明成祖朱棣的几次北伐和明英宗朱祁镇的那次北上抗击瓦刺，大军还未走出北直隶地界便已缺粮，军心不稳，群情汹汹，象这样大规模的军事行动，简直是在拿军队甚至国家的命运在开玩笑——连军事冒险都算不上！明成祖朱棣几次北伐均取得了胜利，那是因为他刚刚取得了靖难之役的胜利，经过残酷战争的洗礼，明军拥有一大批能征善战的将领和一支训练有素的军队，南征北战自然无往而不利，更创下了扫平漠北，勒石而还的赫赫武功；到了国家承平日久的英宗正统年间，将不知兵，兵不习战，如此草草兴军，就难免全军覆没于土木堡一战的悲惨结局了！
有鉴于此，朱厚熜不但一天几道上谕，严厉督导有司做好各项准备工作，还命令户、兵两部各自派出一名侍郎，抽调干练的职官司员，组建了明军前所未有的军需供应总署，随大军行动，协调、督办军需粮秣供应诸事；责令都察院派出一名副都御史，监督军需供应总署的工作；北直隶、山东、河南等省成立军需转运使衙门，由各省布政使和粮道分任正副转运使，并明确指示，军中但有一日缺粮，便要将户、兵两部，还有各省转运使衙门等一干负责军需供应的各级官员，从正二品的堂官、正三品的布政使到不入流的文员胥吏全部问罪，以慰奋勇杀敌、捍卫大明江山社稷的全军将士！
尽管对皇上如此严厉颇不以为然，但“兵马未动，粮草先行”、“军无粮不稳，兵非粮不战”这些道理谁都明白，这一英明决策得到了满朝文武，尤其是平叛军全军将士的一致拥护。