次日一早，高拱随户部班队上朝，果然得到谕旨，着他下了早朝，于东暖阁觐见。散朝之后，他便随黄门官来到东暖阁，不待行礼如仪，朱厚熜就一把拉起了他，感慨地说：“这一去两年了，肃卿，朕无时无刻不在惦记着你啊！”
高拱曾任皇上秘书，侍奉御前近两年，东暖阁是日日都要来的，今日一踏进这熟悉的地方，高拱就觉得心潮起伏；此刻再看到皇上眼中闪烁着晶莹的泪花，更是激动得不能自已，哽咽着说：“微臣去国万里，也是无时无刻不在想着皇上……”
毕竟身为九五之尊的天子，朱厚熜很快就平抑了激动的心情，笑道：“一个是万民君父；一个是社稷干城，放着国家那么多的大事不去料理，却在这里做惺惺儿女之态，若是传了出去，岂不让人笑掉大牙？肃卿，朕今日要与你说的话，既不能载诸于史册，也不能被旁人听了去，朕就把身边伺候的人都赶走了。你给自己倒碗茶，找个地方坐下我们慢慢说。”
高拱心里一凛，忙说：“请皇上训示。”
朱厚熜说：“在闽粤两省试行开放海禁之事关乎国朝财政之大事，由两省去办难免顾此失彼，朝廷当派一得力之人衔命南下主持大局，朕就选了你。你一去两年，办成了三件事，两件足以令你名标青史，流芳百世；另外一件，亦足以令你名标青史，却是遗臭万年。你可知道朕说的是哪三件事？”
高拱惊诧地看看皇上，发现皇上虽说一直面带笑容，却不象是在和自己开玩笑，便说：“臣愚钝，恳请皇上明示。”
朱厚熜笑道：“你大概是不好意思承认自己做了哪两件流芳百世之事，更不晓得到底做了哪一件遗臭万年之事吧？”
被皇上揭穿了心事，高拱嗫嚅着说：“皇上圣明……”
“先说好的。”朱厚熜说：“一是主持闽粤两省试行开放海禁，成效显著；二是找到了番薯并在两省引种成功。这两件事功在当代、利在千秋，足以使你高肃卿名标青史、流芳百世。”
接着，他又恳切地说：“两年之内你呈上的奏疏朕都仔细看了，大致情况也都知道了。可你在奏疏里说的都是好听的话。其实，你所遇到的困难、处境之艰辛，你不说，朕大概也能猜到几分。朕只说一句，肃卿，辛苦你了！”
诚如皇上所言，孤身一人远赴东南，干的又是有违祖制之事，高拱所遇到的困难、处境之艰辛远非常人可以想象。
嘉靖二十四年五月奉敕南下，高拱先到了宁波双屿岛，汪直从中穿针引线，他分别见到了盘踞于宁波近海舟山群岛上的两大海商集团——许氏海商集团和福建海商集团的头面人物许栋和李光头，向他们宣读了皇上废弛海禁、许开海市及要求各大海商集团尽弃前嫌，团结协作，为国效命，拱卫海疆的圣旨。
尽管要求朝廷废弛海禁、许开海市是各大海商集团多年以来的愿望，但谈判的进程并不顺利，其间高拱还多次受到了生命威胁——福建海商集团李光头等人匪气十足，桀骜难驯，虽说接受了朝廷封授的官职，却提出了自行委派官吏、“听宣不听调”等非分要求；而许氏海商集团，则因嘉靖二十四年年初，浙江官府出兵进剿双屿，大当家许一被捕获处死、三当家许三丧亡，实力受到严重削弱，内部更因此分成两派，一派坚决不与朝廷合作，并扬言要拿高拱这个“朝廷狗官”的头来祭奠许一、许三两位当家；另一派虽有归顺之意，却也对朝廷的诚意表示怀疑，认为朝廷废弛海禁、许开海市之举不过是想借海商集团的船只运送兵马南下平叛、牵制江南叛军的权宜之计，等到平定了江南叛乱之后，难免会有兔死狗烹、卸磨杀驴之事。幸好有汪直鼎力襄助，向各位海商头目一遍又一遍地讲述皇上给予自己的优待和礼遇；高拱也放下朝廷钦差大员的架子，与那些海商集团头目指天起誓、歃血为盟，才使他们勉强接受了肃清海路，共抗倭寇，不得随意骚扰抢掠沿海居民及正当海商等要求。
好不容易说服了海商集团接受朝廷敕令，答应协助朝廷肃清海路，共抗倭寇，并保证不再随意骚扰抢掠沿海居民及正当海商之后，高拱又带着汪直船队继续南下，于福建泉州驻锚登岸，借用泉州知府衙门设立了“督办海市钦使衙门”，随即便发出内阁廷寄，召集福建、广东两省巡抚、布政使及有司官员到泉州，宣读朝廷废弛海禁、开立海市的圣旨，会商两省试行开办海市之事。
此次会商的艰难程度，比高拱与海商集团谈判的难度有过之而无不及。别的不说，只是说服闽粤两省那些死抱着“寸板片帆不得下海”的太祖圣训的官员，就让高拱费尽了口舌，尤其是因手握重兵，负有保境安民之责，因而在广东官场一言九鼎的广东兵备道朱纨，一直负责闽粤两省海防诸事，曾数度率军清剿沿海的番商海盗，让他骤然同意废弛海禁开放海市，何其难哉！若非高拱得了恩师夏言的指点，奏请皇上为朱纨加南京都察院右副都御史衔，实授南京兵部侍郎，请他与特加南京兵部尚书衔，实授闽粤总督的前南京兵部侍郎张经共同主持闽粤两省协同出兵平叛大局，宣读完圣旨便远远地将他打发到了前线，高拱真不知道如何对付那个官场上有名的倔驴子。
还有，闽粤两省巡抚、布政使根本不愿意从藩库中拿出银子为汪直筹办用于与西洋诸番互市的丝绸、瓷器、茶叶等物，高拱手中的内阁廷寄也几乎被当成了一张废纸，幸好他的恩师夏言也早就料到了这一点，给两省有司官员分别写了信。凭着恩师的面子，两省藩司才勉强凑出了一百万两银子的货物，汪直的船队得以于嘉靖二十四年十一月，扬帆西去。
万事开头难，到了嘉靖二十五年四月，汪直的船队满载而归，带回了大量价值昂贵的香料、苏木等物，还有白花花的一百万两银子，折算下来，不到半年时间竟赚了个对本的利，两省官员这才如梦初醒，再也不用高拱从设在泉州的督办海市钦使衙门连发公文催办，更不用他跋山涉水亲赴福州、广州软磨硬泡，立刻就将一应海市货物准备停当，接着便敦促汪直速速启程，闻听汪直说船队必须等待十一月西风起后才能启程，两省官员似乎还有些不太高兴。
尽管不需再与闽粤两省官员扯皮，高拱也没能闲下来，那便是督办闽粤两省各州县引种番薯，并与江南诸省协调调运各种用于海市的货物。江南诸省正值战乱初平、百废待兴之际，各省督抚大员又都是刚刚走马上任，政情民情还不熟悉，整天被安置难民、督促农耕、复兴百业诸多麻烦事情弄得焦头烂额，若非坐镇江南的吕芳吕公公多次行文催办，谁会理会他那个远在福建的四品督办海市钦使衙门发来的公文？
不过，再大的困难、再多的艰辛，都抵不过皇上这句“你辛苦了”，高拱立刻离座跪地，哽咽着说：“身奉王事，敢辞辛劳……”
朱厚熜摆摆手：“你是朕的人，就不必跟朕客气了，老老实实地坐下，听朕说你哪件事办砸了，可能会让你遗臭万年。”
这也正是高拱百思不得其解之事，忙老老实实坐回原位，等着听皇上的下文。
朱厚熜突然板起了脸：“谁给你高拱，还有广东巡抚黄庆那么大的权力，让你们把我大明的疆土割给葡萄牙……哦，佛朗机的？”
高拱瞠目结舌：“啊，臣未曾……”
“还不承认？”朱厚熜毫不客气地打断了他的话，从御案上那厚厚的一摞奏疏中抽出了一份，愤然扔在了高拱面前：“看看这个，看看你们干的好事！”
高拱慌忙拾起那份奏疏，原来是自己与广东巡抚黄庆共同具名上奏，加盖有广东巡抚衙门和督办海市钦使衙门的关防的奏疏，转奏广东香山县呈报佛朗机人申请在该县所辖蚝镜村开辟为澳，并在那里定居一事，奏请朝廷批准。
朝廷废弛海禁、许开海市，自然引得西番诸商不远万里前来货殖，其中居多的便是佛朗机人，他们要泊船通商、补给淡水食物，急需一个停船驻泊的锚地，看中了广东香山县蚝镜村，向香山县衙门提出了申请。
香山县衙门将此事呈报到了广东巡抚衙门和负责海外诸番朝贡货殖的广东市舶司。江南叛乱，朝廷与闽粤两省断绝了音讯往来，原本由户部管辖的两省市舶司就暂由督办海市钦使衙门代管，江南叛乱被平定之后，又因两省试行废弛海禁、许开海市，责任重大，便仍由督办海市钦使衙门代管。广东市舶司不敢擅自决断，就将此事呈报给了督办海市钦使衙门。高拱也没有把它当做一回事，与广东巡抚黄庆书信往来沟通之后，便同意与广东巡抚衙门共同呈上了这道奏疏。
此刻，见皇上如此大发雷霆，高拱不免惊恐万分，心里更泛起了一丝疑虑：莫非皇上又改变了废弛海禁、许开海市的主意了吗？
这是极有可能的。国朝立国近两百年来，由于一直厉行海禁之国策，连带着对海外诸多藩国朝贡互市的态度也左右摇摆，时开时罢，全凭皇上好恶而已。仅以佛朗机人而论，就经历了颇为曲折的求贡之路……