袁术自立之后，孙策和其断绝关系，许昌朝廷下令孙策和吕布、陈瑀一同讨伐袁术，孙策率军前往汇合，却发现陈瑀在暗中谋划联合严白虎等人趁机夺取自己的地盘，孙策于是大怒，转而讨伐陈瑀，消灭了严白虎，第一次联合讨伐袁术就这样不了了之。
【联合伐袁】
建安二年（197）袁术决心自立，孙策对此持反对态度，并且还让张纮写信劝谏袁术，可惜袁术根本不听，于是孙策和其决裂。
脱离袁术之后，孙策开始谋求许昌朝廷的支持，从而获得天子的认可。这年夏天朝廷派议郎王浦给孙策下令讨伐袁术，孙策遂听令。
据《江表传》记载，王浦先是给孙策加官进职，书云：“董卓逆乱，凶国害民。先将军坚念在平讨，雅意未遂，厥美著闻。策遵善道，求福不回。今以策为骑都尉，袭爵乌程侯，领会稽太守。”
接着才给孙策下达了讨伐袁术的命令：“故左将军袁术不顾朝恩，坐创凶逆，造合虚伪，欲因兵乱，诡诈百姓，〔始〕闻其言以为不然。定得使持节平东将军领徐州牧温侯布上术所造惑众妖妄，知术鸱枭之性，遂其无道，修治王宫，署置公卿，郊天祀地，残民害物，为祸深酷。布前后上策乃心本朝，欲还讨术，为国效节，乞加显异。夫县赏俟功，惟勤是与，故便宠授，承袭前邑，重以大郡，荣耀兼至，是策输力竭命之秋也。其亟与布及行吴郡太守安东将军陈瑀戮力一心，同时赴讨。”
当时孙策认为骑都尉一职太了，希望得到一个将军的职位，于是派人向王浦微露其意。王浦当即以皇帝的名义宣布孙策权代明汉将军。
孙策为了和吕布、陈瑀一起商量如何对付袁术，遂领兵出发。
【败陈灭严】
孙策一心为国，但有些人却在暗中谋划对其不利。
当时陈瑀驻扎在海西，他在得知孙策行动之后，不仅没有配合孙策一同讨伐袁术的意思，反而暗中谋划夺取孙策的地盘。
陈瑀是陈登是叔叔，在很多资料上记载，他曾经被袁术任命为扬州刺史，后背叛袁术被其赶了出去，后来被朝廷任命为安东将军兼任吴郡太守。也就是陈瑀在势力范围上和孙策有着根本的冲突，所以他会趁机谋取孙策的地盘也是理所当然的事情了。
《江表传》记载，陈瑀派遣都尉万演等人密谋过江，持印三十余枚给丹杨、宣城、泾、陵阳、始安、黟、歙诸等诸县的山贼，其中包括祖郎、焦已和吴郡乌程的严白虎等人，让他们作为自己的内应，准备在孙策发兵之时，夺取孙策的地盘。而孙策到钱塘之后，发觉了这个事情，于是派吕范、徐逸攻打在海西的陈瑀，大破其军，其麾下大将陈牧被枭首，俘获其麾下官吏家属四千余人。
另据《山阳公载记》记载，陈瑀最终成功逃出，并且单骑去了冀州，归附了袁绍，被袁绍任命为故安都尉。
而讨伐袁术之事也因此最终不了了之。
但孙策并没有因此停下进击的脚步，他彻底扫荡了吴郡，击败了严白虎，稳固了自己的后方。
严白虎占山为王，早先吴景等人就准备讨伐他，而孙策认为严白虎不足为虑遂先行讨伐会稽，这时严白虎又和陈瑀勾结在一起，孙策已经不能忍了。
在《吴录》中有关于孙策平定吴郡诸贼的详细记载。
当时除了严白虎之外，吴郡还有乌程邹他、钱铜及前合浦太守嘉兴王晟，都各自聚集数千上万人占领一方，孙策派兵扑讨，皆攻破之，除了王晟因为和孙策父亲孙坚有旧，同时又得到了孙策母亲吴氏的求情被孙策放过之外，其他人基本都被孙策灭族。
而后孙策亲自讨伐严白虎，严白虎当时是吴郡最大的贼寇，甚至还得到了原吴郡太守许贡的投靠，不是一个势力。
当时孙策先派吴景出阵大败严白虎，遂将严白虎包围，严白虎看到情势不利就派自己的弟弟严舆求和。
严舆和孙策会面时，孙策用利刃向坐席砍去，严舆看见后身体晃动了一下。孙策笑着对严舆：“我听您可以坐着跳跃，身手矫捷，所以跟您开个玩笑罢了。”严舆回答道：“我一见到兵刃，就会变得这样。”孙策听了他这句话，知道他其实很无能，于是立刻用手戟击杀了严舆。严白虎等人听以勇力闻名的严舆被孙策杀死，非常惊恐。
严白虎抵抗不住，和许贡一起往余杭抗奔许昭。程普请求孙策发动攻击，孙策“许昭有义於旧君（指盛宪），有诚於故友（指严白虎），此丈夫之志也”，于是放弃攻击。
严白虎此后再无记载，就此退出了历史舞台。
【外和朝廷】
孙策独立于袁术之后，其外部环境并不好，江东的诸侯都将其视为敌人，北方是已经将自己恨的牙痒痒的旧主袁术，西边是和自己有杀父之仇的刘表，周边的势力也均将自己视作危险，所以这个孙策急需一个强力的外援。
而这个外援理所当然最好就是曹操，哦不，是天子，是占据大义的许昌朝廷。
所以孙策在独立之后一直在向朝廷示好，甚至听从朝廷的命令讨伐袁术，据《江表传》记载，建安三年（198）孙策再次派出使者向朝廷进贡，礼物是建安元年的一倍，也就在这一年，朝廷升孙策为讨逆将军，改封其为吴侯。
一年后，孙策还派出张纮到许昌结交朝中大臣，宣传孙策在江东的功绩，以表达对汉室的忠心。
当然了曹操会给孙策一字侯不仅仅是因为孙策的善意，后来刘璋也倒贴曹操，也没见曹操对刘璋有这么好，主要是曹操当时也需要孙策的支持。当时曹操虽然掌控天子，但外部环境也很差的，就以南方为例，朝廷当时根本无法触及，袁术和刘表也都和曹操关系极差，所以曹操也需要南方有个强力的棋子。在这种情况下，曹操和孙策自然而然形成了牢固的盟友关系，他们虽然没有明确结盟，但至少在这段时间内已经相互守望。