目前商家军己经发展到了师一级的编制，一个标准师下管辖着三个团。商家军的第一师和第二师都己经树旗成立，一个留守在浙江，另一个驻守在登州。
因为在以后师将成为商家军的主要作战单位，因此必须对每个师的兵力结成，做一些调整，使其配置更为合珵，充份的发挥战斗力。商毅也作出决定，将每个每的三个团分为两个主战团和一个辅助团。
主战团将全由火枪兵组成，并将逐步淘态火绳枪，全部都使用燧发枪，同时毎个团还配备六十门中小型野战火炮，中型和小型火炮的比例为一比二，毎个营十五门，以加强作战火力。
而辅助团里又分两个后勤营，和二个火炮营，毎一个后勤营将配有三百辆车，三百匹马驴，不仅责任运送全军的粮食，还要保障充足的弹药供应。而火炮营将配备四十到六十门火炮不等，将以中型火炮为主，并辅以少量的重型火炮，中型火炮和重型火炮的比例也三比一，另外还配三十到五十架管风琴枪车，在战斗中为主战团提供火力支援，在暂时不给辅助团配置火枪，但等以后军工发展了，辅助团也将都配上火枪，因此还兼有预备队的作用。
每个师的兵力配置就是这样，至于其他侦察兵、骑兵，在一般情况下，都不配备，而是在战前，从其他队伍中抽调搭配。同时商毅还发送一份配置标准到登州，让二师的师长周少桓，也按照这个标准，来组建第二师。
接着商毅又下令，命六团去替换守卫苏州的第五团，把五团调回杭州，并以四团、五团这两个团为核心，组建商家军的第三师和第四师。力争在今年内，浙江地区的三个师都将整编齐全。
因为这次北京之行还得到了不少马匹,因此商毅也决定，从中选出一批充当战马，将骑兵团扩大升级为骑兵旅，仍然由杨武丞担任旅长。而侦察兵团不变，原来的两名团长，周琦和吴汉生各有新的安排了，因此侦察团的团长就由段鹏担任，商毅的卫队另选其他人。
同时商毅也对军队的制服也进行重新设计，步军的军服还是墨绿色，而骑军为红色，海军为深蓝色。
在士兵的装配上，一个标准步兵的武器是一支带刺刀的火枪，两到四颗拉弦式手榴弹和六十发定装子弹，手榴弹和子弹都用一个防水的牛皮包装好。
而骑军分为轻骑兵和重骑兵两种，不过商家军的重骑兵和传统的重骑兵慨念不同，所穿的盔甲和轻骑兵差不多，只是胸甲略厚一些，战马也只是在头部，颈部，正面装上铁甲，实际上重骑兵同样据有很强的机动性和速度。而轻骑兵和重骑兵的武器配置，都有一支带护手盘的长矛，一把马刀，一柄单刀。另外轻骑兵还会配五把短柄飞斧。而下一步，商毅还打算给骑兵配上短管火枪。
只有海军的装配最简单，海军分为士兵和水手两类，水手付责操作战船以及火炮，因此都不配盔甲和火枪，所用的武器也只是短刀或水手斧，而士兵则付责海战中的接舷战，或者是登陆作战，也和步军一样，装配护甲和火枪，但一般情况下不配手榴弹。
而这一次军队的重点调整是在海军，商家军的海军成立己有大半年时间，既使不算西班牙雇佣海军，总人数己达到五千五百多人，其中基地成员为一千二百多人。目前己经拥有各种船只一百八十余艘，包括西式战船有五十二艘。论规模己不算小了，但因为海军一直都处于草创和训练阶段，因此暂时还对海军进行分类整编，各艘战船也没有命名。而现在海军虽然还沒有进行过一次战斗，但也出航参加过几次任务，也应该正式整编。
商毅首先把海军的船只进行分类，大致分为主力战船、铺助战船、运输船、哨船四个大类。所有的西式战战船全都划归为主力战船；铺助战船包括有两艘一千料福船，六艘六百料福船和六艘四百料福船、二十二艘苍山船、十八艘艟矫船；运输船有五十五艘，全是褔船；哨船有十八条，包括十二艘开浪船和八艘飞剪船。
同时又把主力战船分为五个等级，两千五百料以上为一级；两千料至两千五百料为二级，一千五百料至两千料为三级，一千料至一千五百料为四级；一千料以下为五级。一级和二级都称为战列舰，三级称为巡洋舰，四级称为驱逐舰，五级称为护卫舰。这个分类也是大体参考稍后一些时间，英国对战舰分类的标准。毎艘船设船长一名，大副一名，其余职位根据各船的大小不等，各自不同。
战船的名称，商毅决定一级战列舰以中国古代名将的名字来命名，二级战列舰，以中国神话中的神兽命名，而现在商家军的一级战列舰还没有，二级战列舰也只有“银河”号一艘，也就不改名了，等以前造出了新的战列舰，再按这个标准命名。
三级巡洋舰也是以后重点发展的类型，以后也会是数量最多的一种战舰，因此就以天罡地煞星来命名，不过现在商家军只有六艘巡洋舰，分别命名为：天魁号、天罡号、天机号、天闲号、天勇号、天雄号。
四级驱逐舰目前有二十八艘，正好就用二十八星宿的名字来命名，五级护卫舰有十八艘，则全部用浙江地区的地名来命名。其他辅助战船都是褔船，因此也以“福”字号来命名。
不过目前商家军的海军的主力战船虽然不算少，但从结成上来说，目前商家军的搭配并不合理，中小型主力战舰偏多，而大中型战舰偏少，合理的战舰搭配应是以第三级巡洋舰为主，然后向两头逐次减少，因此在以后要逐渐改善这个结构。
然后商毅又将目前的海军分为五个分舰队，毎个分舰队只有主力战船和铺助战船，数量在二十艘到二十五艘不等，设旗舰一艘、第二旗舰一艘，旗舰舰长同时也兼任分舰队舰长。而运输船和哨船则根据战场的需求，临时分派给各支分舰队。
因为在这个时候的海战通迅不便，无论是多么训练有训的海军，靠一艘旗舰根本不可能指挥得了百艘以上的战船，因此将一支船队分散为若干支二十艘左右的分舰队，实行层层指挥，才是最好的办法。
另外商毅还得到了一个好消息，自己建造的两千料福船，己经在造船厂里下水试航成功，可以服役使用。而且在造船厂的主体结构都己经完成，开出了大小十个船坞，并且又有两艘二千料福船，六艘一千料西式帆船在建，预计在九十月份，造船厂建造的第二批船只也可以投入使用了。并且还将再开挖三到五个船坞。眀年将达到年产船只二十条以上。
而在另一边，兵工厂也全面完工，开始全面投入生产，目前己经生产了火枪三千余枝，其中线膛枪六十支，各种火炮五百多门，其中重型火炮为一百五十多门，包括二十门山寨版的拿破伦炮。并且还制造出三十架管风琴枪。
商毅从北京带回的工匠中，绝大部份都是枪炮制造工匠和木匠，因此兵工厂加入了一千多人，而造船厂里也增加了六百余人，也能够大大提高产量。
同时商毅也对火炮、火枪的名称进行了统一的规定，火炮的标准命名将以口径、重量、材质、用途等特性来定。什么红夷大炮、佛朗机炮这类只能算是火炮的外号或是爱称，而正式文件中，都必须使用标准命名。
火炮的重量等级以八百斤以上为重型，三百至八百斤为中型，三百斤以下为轻型。材质则分为铸铁、青铜、铜、钢等，而用途又分为野战炮、榴弹炮、迫击炮、臼炮、舰载炮、要塞炮等等。这样山寨版的拿破伦炮的标准名称就是三寸六分口径重型青铜野战炮。这样的名称，也使人对火炮的性质一目了然，减少了许多不必要的误会和麻烦。
目前商家军火枪的种类不多，火绳枪己全面停产，主要生产的是前装滑膛燧发枪，和前装线膛燧发枪两种。统称为步枪，而以后还是和后世一样，用数字编号来命名。
而商毅又给兵工厂的研究部下达了三个新的研究课题，地雷、水雷和骑军用的手枪。同时还要新建一个车辆厂，准备生产各种军用民用车辆。
这些事情一一处理完之后，商毅这才松了一口气，而时间也到了五月底。
就在六月一日这一天，商毅收到了登州的周少桓发回杭州的消息，原来李自成败亡逃离北京之后，各地原以归顺李自成的明朝官员都纷纷反正，山东德州乡绅原御史赵继鼎、主事程先贞、大学士谢升之弟生员谢陛等人发动起事，推举明宗室庆藩奉国中尉朱帅为盟主，假称济王，号召远近。山东和北直隶的许多地方官绅群起响应，不到一个月的时间就占领了山东、河北的数十个州县，一时也是声势浩大。并且也派人到登州来招周少桓入伙。同时一些地方势力也纷纷聚众起事，割据一地，抢夺城池。如灵山卫的张大雅、张千出、韩继本，高密县的单之赏、张宇等。
而清军攻在北京之后，一面追击大顺军，一面也先后派前明降臣方大猷、王鳌永为使，招抚山东地区，但都没有结果，也在计划出兵进攻山东之地。
因此周少桓在信中建议，现在没有必要只守在登州府一地，可以趁着山东地区混乱局面，先出兵占领莱州和青州，以商家军在这一带的基础，应该不会有什么困难。这样一来，日后和清军做战，回旋的余地也大一些。
商毅正要写信回复周少桓，而这时海边的张庚秋忽然回到了杭州，告诉商毅，西班牙军队又派出了一支舰队，进攻中国。